神奇的vcftools 最近每一篇知乎,都有一段血泪史,比如 今天的vcftools。 在我迈入bioinformatics的第二个年头,才知道有vcftools这个神器,以前是真的蠢啊 idiot啊,处理vcf文件用awk、sed、grep等手动傻瓜处理,甚至试图带入R… 没把服务器整坏也真是幸运了,反正就是真的蠢啊!不得不说,生信的发展,真是让我开了眼…...
老师,在第三步vcf文件过滤时,得到的all.clean.vcf文件太小了,宽松设置调整数值后,依旧很小,怎么办啊,有没有其他的方法,可以让最后的数据大一些啊 1 回答 按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办 1 回答 怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数? 1 回答 ...
VCFtools———基础篇 本篇主要关于vcftools的安装和文件的筛选,不涉及运算,运算在计算篇,目前还没写()。 vcftools安装 可以使用conda直接安装 condainstallvcftools 也有在github上有免编译版本 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git vcftools使用 官方介绍版本 https://vcftools.github.io/man_latest.h...
2021-06-30vcftools的相关参数和使用 1.vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具。 2.输入参数 –vcf 支持v4.0及以上版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf BCF2文件 3.输出参数 –out 输出文件,直接对应输出文件命名 –temp <temporary_directory> 指定结果的输出...
在进行structure堆叠图绘制时,需要用到以下软件:vcftools、bcftools、plink、admixture软件。下面具体介绍这些软件的安装过程(注 :前三个在mac/windows上装,后一个在linux服务器上装)。 1.vcftools的安装 (1).vcftools下载 下载网站如下: https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ ...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
这篇文章主要为大家展示了“vcftools基本参数有哪些”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“vcftools基本参数有哪些”这篇文章吧。 vcftools使用 vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 tar -xzvf vcftools-0.1.16.tar.gz ...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 ...
本文主要介绍VCFtools基础使用，包括安装与文件筛选，不涉及运算内容，运算相关将在后续的计算篇中详细阐述。在安装VCFtools方面，可以使用conda直接执行命令进行安装，操作简便快捷。此外，GitHub平台还提供了无需编译即可使用的版本，满足不同环境的需求。关于VCFtools的使用方法，可参考官方提供的详细说明文档。为...