功能: vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因...
1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区域的变异位点vcftools --vcf sample.snp.vcf\...
vcftools使用 vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 基本参数 输入参数 –vcf 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf 通过gzipped压缩过的VCF文件 –bcf BCF2文件 输出参数 –...
vcftools主要处理vcf/bcf文件,包括:过滤(filter) ;变异位点的基本统计;数据格式的转换;多个vcf文件的比较(compare files);集合运算等。 #安装 #傻瓜式安装 conda install -c bioconda vcftools #安装2 官网下载(https://vcftools.github.io/examples.html),下载最新版本, wget https://github.com/vcftools/vcftools...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,功能非常强大,而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 1.2 安装 进入压缩包目录,进行解压。 $ tar xvf vcftools_0.1.13.tar.gz ...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 ...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 tar -xzvf vcftools-0.1.16.tar.gz ...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 ...
一、安装 conda install -c bioconda vcftools 二、功能概览 常用功能如下,待具体用到时再做详细补充: Get basic file statistics Applying a filter Writing to a new VCF file Converting a VCF file to BCF Getting allele frequency Getting sequencing depth information ...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明 1 安装准备 华为云购买一台鲲鹏服务器 本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。