bcftools view -G -Oz -o {out.vcf.gz} {input.vcf.gz} input.vcf.gz示例: out.vcf.gz示例: 希望以上内容对你的工作和学习有所帮助!
1. bcftools view 可以查看bcf数据结果。 结果: xubo@xubo:~/xubo/data/avocado/NA12878_snp_A2G_chr20$ cat NA12878_snp_A2G_chr20_225058.flt.vcf ##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> ##samtoolsVersion=1.3.1-24-gf458b7c+htslib-1.3.1-35-g481752c ##sa...
2. Bcftools 提取每个位点的等位基因频率 # 提取每个位点的等位基因频率bcftools query -f'%CHROM %POS...
make install 3.结合samtools使用 对排序好的bam数据用samtools生成bcf文件: xubo@xubo:~/xubo/data/testTools/se$ samtools mpileup -ugf ../hs38DH.fa hs2.sort.bam >hs2.bcf 1. 由于生成的是二进制格式的数据,需要进行解析或者转换成vcf: xubo@xubo:~/xubo/data/testTools/se$ bcftools view hs2.bcf...
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、输入命令: 1 bcftools view -S samplelistname.txt/1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf ...
/samtools/ 该软件需要编译安装3.bcftools(主要用途:view命令来进行SNP和Indel calling,它是samtools中附加的软件) 4.snpEff (主要用途:a.添加.../genome/hg19/hg19.fa 1>hg19.bwa.index.log 2>&1 因为运行时间较长,此命令最好在后台运行,(nohup time,加上time可以看见运行 ...
Bcftools：涉及⽂本的处理，功能很强⼤，后续随着我的分析还要继续介绍。利⽤Bcftools按样本拆分⽂件主要利⽤了“--view”这个软件包，主要代码如下：bcftools view -S 3k_china_indA 3k_SNP_all.vcf -O v -o 3k_china_indA.vcf 这⾥⾯三个参数：-s, --samples [^]<list> comma separated...
2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf...
文件1:需要提出的样品的id,文件名DB_sample.list SYH10 SYH11 SYH12 文件2:含有不同样本的变异位点的vcf文件 image.png 利用bcftools提取DB_sample.list中的样品的vcf文件 bcftools view -S DB_sample.list samples.gatk.con.snp.12.vcf -O v -o samples.gatk.con.DB.snp.vcf ...
bcftools view -R 0002.tsv in.vcf.gz # The format of 0002.tsv: 20 79000 80000 20 90000 100000 *printing out only the chr info: bcftools query -f '%CHROM\n' filename.vcf / *now, print out the chr\tpos bcftools query -f '%CHROM\t%POS\n' filename.vcf ...