#输出指定名称的vcf文件 bcftools view -s Sample1,Sample2 -o selected_samples.vcf $filename #指定具体名称 bcftools view -S Samplename.txt -o selected_samples.vcf $filename #具体名称放在Samplename.txt中 #提取SNP bcftools view -v snps -o only_snps.vcf $filename #提取指定的SNP bcftools view...
bcftools view -G -Oz -o {out.vcf.gz} {input.vcf.gz} input.vcf.gz示例: out.vcf.gz示例:
bcftools annotate -x ID,INFO/DP,FORMAT/DP view.vcf -o remove.id.vcf -x参数表示去除VCF文件中的注释信息,可以是其中的某一列,比如ID, 也可以是某些字段,比如INFO/DP,多个字段的信息用逗号分隔;去除之后,这些信息所在的列并不会去除,而是用.填充。 2. concat concat命令可以将多个VCF文件合并为一个VCF文...
基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点: bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr22.vcf.gz --types snps -m 2 -M 2 指的是保留双等位基因(biallelic sites); 0.05:minor 指的是次等位基因...
bcftools view 可以查看bcf数据结果。 结果: AI检测代码解析 xubo@xubo:~/xubo/data/avocado/NA12878_snp_A2G_chr20$ cat NA12878_snp_A2G_chr20_225058.flt.vcf ##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> ##samtoolsVersion=1.3.1-24-gf458b7c+htslib-1.3.1-35-g481...
Bcftools：涉及⽂本的处理，功能很强⼤，后续随着我的分析还要继续介绍。利⽤Bcftools按样本拆分⽂件主要利⽤了“--view”这个软件包，主要代码如下：bcftools view -S 3k_china_indA 3k_SNP_all.vcf -O v -o 3k_china_indA.vcf 这⾥⾯三个参数：-s, --samples [^]<list> comma separated...
/samtools/ 该软件需要编译安装3.bcftools(主要用途:view命令来进行SNP和Indel calling,它是samtools中附加的软件) 4.snpEff (主要用途:a.添加.../genome/hg19/hg19.fa 1>hg19.bwa.index.log 2>&1 因为运行时间较长,此命令最好在后台运行,(nohup time,加上time可以看见运行 ...
bcftools view: the functionality of the option--compression-levellost in 1.12 has been restored Assets3 09 Jul 11:15 valeriuo 1.13 fc13b08 Compare 1.13 Download the source code here:bcftools-1.13.tar.bz2.(The "Source code" downloads are generated by GitHub and are incomplete as they don't...
1. 由于生成的是二进制格式的数据,需要进行解析或者转换成vcf: AI检测代码解析 xubo@xubo:~/xubo/data/testTools/se$ bcftools view hs2.bcf >hs2.vcf 1. vcf查看: AI检测代码解析 ##INFO=<ID=MQ0F,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of MQ0 reads (smaller is better)"> ...
## 使用bgzip或bcftools压缩vcf文件 bgzip test.vcf bcftools view test.vcf -Oz -o test.vcf.gz 第二步,构建vcf文件的索引。 ## 使用bcftools构建vcf文件的索引 bcftools index test.vcf.gz 第三步,合并vcf文件。 ## 使用bcftools合并vcf文件 bcftools merge test1.vcf.gz test2.vcf.gz test3.vcf.gz ...