bcftools可用于变异信息的描述性统计,计算,过滤和格式转换。 1. 显示VCF文件的头信息 bcftools view -h sample.vcf ##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> ##bcftoolsVersion=1.5+htslib-1.5 ##bcftoolsCom
使用bcftools view命令可以根据需要筛选VCF.gz文件中的记录。例如,筛选出染色体为chr1且位置在1000000到2000000之间的记录,可以使用以下命令: bcftools view -O z -o output.vcf.gz file.vcf.gz chr1:1000000-2000000 其中,-O z选项指定输出文件的格式为.gz压缩的VCF格式,-o选项指定输出文件名为output.vcf.gz,c...
使用bcftools的view命令提取指定区域内的SNP: 你可以使用bcftools的view命令结合-R参数来指定要提取的区域。以下是一个示例命令: bash bcftools view -R chr1:10000-20000 test.vcf.gz > subset.vcf 这个命令会从test.vcf.gz文件中提取chr1染色体上位置10000到20000之间的SNP,并将结果输出到subset.vcf文件中。
bcftools view view.vcf.gz-k-o known.vcf -k参数表示筛选已知的突变位点,即ID那一列值不是.的突变位点。 3. query query命令也是用于格式转换,和view命令不同,query通过表达式来指定输出格式,可定制化程度更高。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools query-f'%CHROM\t%POS\t...
1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v ...
bcftools view 用于查看VCF文件的内容,包括样本信息、位点信息、注释信息等 bcftools query 用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge
bcftools view view.vcf.gz -k -o known.vcf 1. -k参数表示筛选已知的突变位点,即ID那一列值不是.的突变位点。 3. query query命令也是用于格式转换,和view命令不同,query通过表达式来指定输出格式...
bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt.vcf|less -S 仅挑选指定WES22070248.bam的vcf,且 过滤掉纯合野生型和no call的位点,仅挑选INFO中的CSQ字段,left-align indel、去重、uniq bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt....
Hi, I am using bcftools view -R regions.bed input.vcf.gz to extract only those variants present in regions.bed. However, I get only those variants not present in regions.bed, so exactly the opposite. I really don't know what is going on...
/samtools/ 该软件需要编译安装3.bcftools(主要用途:view命令来进行SNP和Indel calling,它是samtools中附加的软件) 4.snpEff (主要用途:a.添加.../genome/hg19/hg19.fa 1>hg19.bwa.index.log 2>&1 因为运行时间较长,此命令最好在后台运行,(nohup time,加上time可以看见运行 ...