使用bcftools的view命令提取指定区域内的SNP: 你可以使用bcftools的view命令结合-R参数来指定要提取的区域。以下是一个示例命令: bash bcftools view -R chr1:10000-20000 test.vcf.gz > subset.vcf 这个命令会从test.vcf.gz文件中提取chr1染色体上位置10000到20000之间的SNP,并
一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步)。 无痛处理,速度超快,命令如下: 1bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二、根据染色体位置提取子集 注意:这里vcf要使用gbzip压缩并且构建索引才行,而且vcf文件位置顺序不能乱(别问我...
#输出指定名称的vcf文件 bcftools view -s Sample1,Sample2 -o selected_samples.vcf $filename #指定具体名称 bcftools view -S Samplename.txt -o selected_samples.vcf $filename #具体名称放在Samplename.txt中 #提取SNP bcftools view -v snps -o only_snps.vcf $filename #提取指定的SNP bcftools view...
bcftools可用于变异信息的描述性统计,计算,过滤和格式转换。 1. 显示VCF文件的头信息bcftools view -h sample.vcf ##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">…
bcftools view -v snps file.vcfbcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP: bcftools filter -i '%QUAL>20' file.vcf > filtered.vcf 3. 统计 SNP 和 Indel ...
2. 要处理的vcf文件(snp/indel)。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下: 3. 处理命令: bgzip snp.vcf #压缩 tabix -p vcf snp.vcf.gz #建索引 bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集 ...
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
利用view命令的-T选项指定处理区域,配合并行计算框架可显著提升处理效率。对于存储优化,BCF格式相比文本VCF可节省约70%存储空间,特别适合长期保存原始数据。在内存管理上,设置合适的区域大小(-r)和缓存参数能平衡处理速度与资源消耗。 在临床变异解读场景中,bcftools常与SnpEff、ANNOVAR等注释工具联用。通过管道传递处理...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
bcftools进行SNP calling bcftools也可以进行SNP calling。...在之前的版本中,通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下 samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg -...> var.raw.bcf 由于samtools和bcftools更新得都很快,只要有一个版本不对,采用上面的pipeline就会报错。...为了减少...