bcftools view -s Sample1,Sample2 -o selected_samples.vcf $filename #指定具体名称 bcftools view -S Samplename.txt -o selected_samples.vcf $filename #具体名称放在Samplename.txt中 #提取SNP bcftools view -v snps -o only_snps.vcf $filename #提取指定的SNP bcftools view $filename -T chr_snp...
一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步)。 无痛处理,速度超快,命令如下: 1bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二、根据染色体位置提取子集 注意:这里vcf要使用gbzip压缩并且构建索引才行,而且vcf文件位置顺序不能乱(别问我...
这个命令的含义是,首先使用 bcftools query 选取输出文件中 SNP 位点的染色体和位置信息,然后使用 shuf 对行进行随机排序,接着使用 head 选取前 1000 行(即 1000 个 SNP 位点),最后使用 sort 对选定的 SNP 位点按染色体编号和位置进行排序,并保存到 selected_snps.txt 文件中。 最后,使用 bcftools view 选取特定...
2. 要处理的vcf文件(snp/indel)。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下: 3. 处理命令: bgzip snp.vcf #压缩 tabix -p vcf snp.vcf.gz #建索引 bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集 4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息...
bcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP: bcftools filter -i '%QUAL>20' file.vcf > filtered.vcf 3. 统计 SNP 和 Indel bcftools stats 命令可以用于统计 SNP 和 Indel 的信息,如统计文件中 SNP ...
bcftools view -v snps file.vcfbcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP: bcftools filter -i '%QUAL>20' file.vcf > filtered.vcf 3. 统计 SNP 和 Indel ...
bcftools view -h file.vcf 查看文件中的 SNP 和 Indel 信息: bcftools view -v snps file.vcf bcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP:
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
call 是bcftools查找变异的工具，它取代了bcftools 之前的view caller 用于将多个VCF/BCF文件合并为1个。常常用来将多个染色体的vcf文件合为一个；或者将snp和indel两种不同突变类型的文件合并为1个。 注意：同样用于合并vcf文件， merge 主要是将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。注意：...
1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -...经典的应用场景包括合并不同染色体上的VCF文件,合并SNP和INDEL 两种类型的VCF文件,用法如下 bcftools concat merge.2.a.vcf.gz merge.3.a.vcf.gz...用法如下 bcftools me...