1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、输入命令: 1 bcftools view -S samplelistname.txt/1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf 参...
bcftools query -l XXX.vcf.gz ##查看样本名 bcftools query -l XXX.vcf.gz | wc -l ##查看样本数量 bcftools view -v snps your_file.vcf.gz | grep -vc "^#" #输出统计SNP数bcftools +count XXX.vcf.gz #输出统计的样本数、SNP数、indel数等[vcf很大的时候运行的很慢] #当我需要提取具体某个...
可以使用工具 bcftools 中的 view 命令结合选项 -r 和 -s 来挑选特定的 SNP 位点。 选择感兴趣的样本,使用 -s 选项,比如选取样本 A、B、C: 选...
bcftools annotate -x ^INFO/controls_AC,^INFO/controls_AN,^INFO/controls_AF -Oz -o {out.vcf.gz} {input.vcf.gz} 五、bcftools删除样本信息 应用场景:数据库简化, 比如自建的位点人群频率数据库 运行方式 # -G代表删除FORMAT和各样本的基因型信息 bcftools view -G -Oz -o {out.vcf.gz} {input.vc...
文件1:需要提出的样品的id,文件名DB_sample.list SYH10 SYH11 SYH12 文件2:含有不同样本的变异位点的vcf文件 image.png 利用bcftools提取DB_sample.list中的样品的vcf文件 bcftools view -S DB_sample.list samples.gatk.con.snp.12.vcf -O v -o samples.gatk.con.DB.snp.vcf ...
bcftools view 用于查看VCF文件的内容,包括样本信息、位点信息、注释信息等 bcftools query 用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge
使用sh脚本 将453份数据写入变量$sample for sample in $(cat 453.list);创建每个样本的list文件 do touch list/$sample.list;将样本写入每个文件 echo $sample >> list/$sample.list;使用bcftools提取 do bcftools view -S list/$sample.list /public/home/lianglunping/work/SV/...
call 是bcftools查找变异的工具，它取代了bcftools 之前的view caller 用于将多个VCF/BCF文件合并为1个。常常用来将多个染色体的vcf文件合为一个；或者将snp和indel两种不同突变类型的文件合并为1个。 注意：同样用于合并vcf文件， merge 主要是将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。注意：...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
2...view view命令可以用于VCF和BCF格式的转换,用法如下 bcftools view view.vcf.gz -O u -o view.bcf -O参数指定输出文件的类型,b代表压缩后的BCF文件...还可以根据样本筛选VCF文件,用法如下 bcftools view view.vcf.gz -s NA00001,NA00002 -o subset.vcf -s参数指定想要保留的样本信息,多个样本用逗号分...