首先利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和inde索引格式,因为bcftools的输入文件有这两项,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz bcftools index ExAC.vcf.gz 拆分、筛选、合并 使用bcftools可以方便地对VCF.gz文件进行拆分、筛选和合并,以下是具体的命令: 1. ...
1. 显示VCF文件的头信息 bcftools view -h sample.vcf##fileformat=VCFv4.2##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">##bcftoolsVersion=1.5+htslib-1.5##bcftoolsCommand=mpileup -f /public/analysis/ucsc.hg19.fasta -Ou /public/analysis/result/sample.bam##reference=file:///public/analysis/uc...
bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gzbcftools index ExAC.vcf.gz 拆分、筛选、合并 使用bcftools可以方便地对VCF.gz文件进行拆分、筛选和合并,以下是具体的命令: 1. 拆分VCF.gz文件 使用bcftools的split命令可以将一个VCF.gz文件拆分为多个小的VCF.gz文件,每个文件包含指定数量的记录。例如,将一个VCF.gz...
无痛处理,速度超快,命令如下: 1bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二、根据染色体位置提取子集 注意:这里vcf要使用gbzip压缩并且构建索引才行,而且vcf文件位置顺序不能乱(别问我怎么知道的😔); 准备好染色体及位置文件chr_pos.list,文件内容示例如下: chr1 27639chr160383chr260469chr360516...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
samtools和bcftools使用说明 samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作...
本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个命令。 1. index index命令用于对VCF文件建立索引,要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件,支持.csi...
index命令用于对VCF文件建立索引,要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件,支持.csi和.tbi两种索引,默认情况下建立的索引是.csi格式, 用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bgzip view.vcf bcftools index view.vcf.gz 运行成功后,会生成索引文件view.vcf.gz.csi。如果需要建立.tbi...
使用bcftools 进行基因型过滤(genotypes QC),基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelicsites)以及次等位基因频率大于0.05的位点:bcftoolsview--typessnps-m2-M2-q0.05:minorgenotypes.chr22.vcf|bgzip-c>genotypes.chr2...
2. 要处理的vcf文件(snp/indel)。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下: 3. 处理命令: bgzip snp.vcf #压缩 tabix -p vcf snp.vcf.gz #建索引 bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集 4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息...