5. bcftools isec 求变异的交集、并集 # 求交集 bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 并集 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型进行处理 -C:求第一个文件有其他文件...
isec用于在多个VCF文件之间取交集,差集,并集等操作,经典的应用场景是对多种软件的SNP calling 结果进行venn 分析。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的...
bcftools isec /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.raw.QCflt.vcf.gz /bi/8.xuxiong/work/WES/CYP21A2_CYP21A1P_SMN1_SMN2_HBA1_HBA2_diff.vcf.gz -n =2 -w 1 -Oz -o /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp.homologous.vcf.gz ; tabix -fp vcf /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp....
该命令要求输入文件必须是经过bgzip压缩的文件, 而且还需要有.tbi的索引。 4. isec isec用于在多个VCF文件之间取交集,差集,并集等操作,经典的应用场景是对多种软件的SNP calling 结果进行venn 分析。用法如下 bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. st...
Always generate sites.txt with isec -p (#1462) bcftools +mendelian: Consider only complete trios, do not crash on sample name typos (#1520) bcftools mpileup: New--seedoption for reproducibility of subsampling code in HTSlib The SCR annotation which shows the number of soft-clipped reads now ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 ...
VCF/BCF文件的isec交叉点 合并来自非重叠样本集的VCF/BCF文件 norm left align和normalize indels 插件用户定义的插件 查询将VCF/BCF转换为用户定义的格式 修改VCF/BCF标题,更改样本名称 查看VCF/BCF转换、查看、子集和筛选VCF/BCF文件 --VCF/BCF分析 呼叫SNP/indel呼叫 共识通过应用VCF变体创建共识序列 cnv-HMM-cnv...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 1. 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 AI检测代码解析 bcftools stats view.vcf > view.stats ...
I'm using bcftools to preprocess VCFs before running relationship inference using KING. I'm using bcftools isec to create a set of useful SNPs for this purpose on more than 70,000 individuals. However, in my current script bcftools isec ...
bcftools isec 示例:# 创建两个文件的交集和补集将其保存在 dir文件夹<br>bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz<br> # 对A文件(INFO/MAF>=0.01)和B文件(INFO/dbSNP)进行过滤,但不对C文件进行过滤;在 dir 文件夹生成 3 个文件的交集位点,这些位点至少在 2 个输入文件中出现 bcftools isec -e'...