bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了...
bcftools cnv -o cnv/ test.vcf.gz 5. bcftools isec 求变异的交集、并集 # 求交集 bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 并集 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型...
bcftools view view.vcf.gz-sNA00001,NA00002-o subset.vcf -s参数指定想要保留的样本信息,多个样本用逗号分隔。 如果样本名称添加了^前缀,代表去除这些样本,比如-s ^NA00001,NA00002,这个写法表示从VCF文件中去除NA00001,NA00002这两个样本的信息。 还可以过滤突变位点,过滤的条件非常多,可以根据突变位点的类型,...
6.11 bcftools isec [OPTIONS] A.vcf.gz B.vcf.gz […]该命令用于在多个 VCF 文件之间创建交集、差集。根据参数的不同,程序可以从一个或多个文件中输出这些记录。commandDescription -C, --complement 输出只在第一个文件中存在,不在其他文件中存在的变异位点 -e, --exclude EXPRESSIION 接表达式命令,当时...
isec .. intersections of VCF/BCF files merge .. merge VCF/BCF files files from non-overlapping sample sets mpileup .. multi-way pileup producing genotype likelihoods norm .. normalize indels 对vcf中的InDel进行对齐 ## 检查SV是否和ref一一对应 bcftools norm --check-ref e --fasta-ref Sp_YY...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 1. 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 ...
本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件。在\t分隔的...