bcftools cnv -o cnv/ test.vcf.gz 5. bcftools isec 求变异的交集、并集 # 求交集 bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 并集 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型...
bcftools_isec是一个用于进行Variant comparisons(变异比较)的Python库。它使用bcftools工具,这是一个广泛使用的生物信息学工具包,用于处理和分析基因组数据。 Variant comparisons是生物信息学中的一个重要任务,它可以帮助我们识别出基因组中的变异,这些变异可能是由于突变、插入或删除等原因引起的。通过比较不同个体或不...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了...
bcftools isec 示例:# 创建两个文件的交集和补集将其保存在 dir文件夹bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 对A文件(INFO/MAF>=0.01)和B文件(INFO/dbSNP)进行过滤,但不对C文件进行过滤;在 dir 文件夹生成 3 个文件的交集位点,这些位点至少在 2 个输入文件中出现 bcftools isec -e'MAF<0.01' ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 1. 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats ...
bcftools isec还提供了Venn-Diagram数字,并根据这些交集另外创建了VCF文件。 bedtools 比较两个VCF文件? 目前个人还是倾向于bcftools! ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 基因组生物信息分析 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我" ...
bcftools isec /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp.nonHomo.vcf.gz /bi/8.xuxiong/database/ClinVar.HGMD.Local.SpliceAI.whitelist.V20211010.vcf.gz -n =2 -w 1 -Ov | less -S 取并集,需两个vcf均有索引,且排序(需要合并的文件需要预先排序并建索引) ...
I'm using bcftools to preprocess VCFs before running relationship inference using KING. I'm using bcftools isec to create a set of useful SNPs for this purpose on more than 70,000 individuals. However, in my current script bcftools isec ...
VCF/BCF文件的isec交叉点 合并来自非重叠样本集的VCF/BCF文件 norm left align和normalize indels 插件用户定义的插件 查询将VCF/BCF转换为用户定义的格式 修改VCF/BCF标题,更改样本名称 查看VCF/BCF转换、查看、子集和筛选VCF/BCF文件 --VCF/BCF分析 呼叫SNP/indel呼叫 ...