bcftools cnv -o cnv/ test.vcf.gz 5. bcftools isec 求变异的交集、并集 # 求交集 bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 并集 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了...
取交集(需要取交集的文件需要预先排序并建索引) bcftools isec /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp.nonHomo.vcf.gz /bi/8.xuxiong/database/ClinVar.HGMD.Local.SpliceAI.whitelist.V20211010.vcf.gz -n =2 -w 1 -Ov | less -S 取并集,需两个vcf均有索引,且排序(需要合并的文件需要预先排序并建...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 基本信息: SN ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 1. 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats ...
bcftools_isec库提供了一个简单的接口,使得研究人员可以方便地使用bcftools工具进行Variant comparisons。它允许用户指定输入文件(通常是一个包含基因组序列的文件),以及输出文件(通常是一个包含比较结果的文件)。用户可以选择不同的比较方法,如单倍型比较、多倍型比较等,并可以选择是否进行质量控制(如过滤掉低质量的变异)...
isec merge norm plugin query reheader sort view 3. 对VCF/BCF 建立索引 对应的子命令为index bcftools 是C语言开发的,所以处理速度非常快,可以看做是VCFtools 的升级版本。 bcftools 在处理文件时,还可以识别bgzip压缩之后的VCF文件。在后续文章中,会对bcftools的用法进行详细介绍。
本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stat 字段 自定义 zip压缩 原创 庐州月光 2022-06-21 09:01:28 1210阅读 bcftools进行SNP calling 欢迎关注"生信修炼手册"!bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中,通常都是和sam 预处理 原创 庐州月光 2022-06-21 09:01:20 507阅读 bcftools...
目录输出A文件和B文件的交集,只按照A文件的格式输出 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 在 dir 目录输出A文件和B文件的差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz # 打印出只在A、B文件中出现,不在C、D文件中出现的位点 bcftools isec -n~1100 -c all...
$ bcftools isec a.vcf.gz b.vcf.gz-p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息。比如,突变个数、突变类型的个数、转换颠换个数、测序深度、Indel长度。还可以利用plot-vcfstats进行可视化处理。用法如下 ...