5. bcftools isec 求变异的交集、并集 # 求交集 bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 并集 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型进行处理 -C:求第一个文件有其他文件...
本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以...
本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以...
本篇主要介绍annotate,concat,merge,isec,stats这五个命令。 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件。在\t分隔的自定...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 1. 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 AI检测代码解析 bcftools stats view.vcf > view.stats ...
bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息,比如突变位点的总数,不同类型突变位点的个数等。用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据,重点介绍以下几种 ...
New-m flip-allmode for flipping all sites, including ambiguous A/T and C/G sites bcftools isec Prevent segfault on sites filtered with-i/-ein all files (#1632) bcftools mpileup More flexible read filtering using the options: --ls,--skip-all-set.. skip reads with all of the FLAG bits...
vcfgtcheck.c Fix error in DCv2 output Jun 7, 2024 vcfhead.c New -s, --samples option to include the #CHROM header line with sam… Nov 4, 2023 vcfindex.c Write to tbi rather than csi with -m 0 Apr 27, 2024 vcfisec.c Update documentation Oct 22, 2024 vcfmerge.c Careful when ...
isec merge norm plugin query reheader sort view 3. 对VCF/BCF 建立索引 对应的子命令为index bcftools 是C语言开发的,所以处理速度非常快,可以看做是VCFtools 的升级版本。 bcftools 在处理文件时,还可以识别bgzip压缩之后的VCF文件。在后续文章中,会对bcftools的用法进行详细介绍。
vcfisec.c Autodetected output file type from the output file suffix (e.g. .bcf, … 4年前 vcfmerge.c Makemerge -Rbehavior consistent with other commands and 4年前 vcfnorm.c Autodetected output file type from the output file suffix (e.g. .bcf, … ...