bcftools call接受可选的第二列,该列指示倍性(0,1或2)或性别(由--ploidy定义,例如“F”或“M”)。 2. bcftools annotate[OPTIONS]FILE (1)注释VCF文件 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf # -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的...
首先利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和inde索引格式,因为bcftools的输入文件有这两项,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz bcftools index ExAC.vcf.gz 拆分、筛选、合并 使用bcftools可以方便地对VCF.gz文件进行拆分、筛选和合并,以下是具体的命令: 1. ...
BCFtools 是一款多种实用工具的集合,它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式,并能自动检测输入的格式类型。在有索引文件存在的条件下,BCFtools 可以应用于所有场景,在没有索引文件存在时,BCFtools只能应用于部分场景。通常,在同时读取多个VCFs时,必须对它们建立索引和压缩...
bcftools concat merge.2.a.vcf.gz merge.3.a.vcf.gz -o -o merge.vcf 还需要注意一点,输入的VCF文件必须是经过bgzip压缩的文件。 3. merge merge命令也是用于合并VCF文件,主要用于将单个样本的VCF文件合并成一个多个样本的VCF文件。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools merg...
软件12 —— bcftools 一、 基本介绍 VCF格式(Variant Call Format)是存储变异位点的标准格式,用于记录variants(SNP / InDel)。BCF是VCF的二进制文件。bcftools可以实现SNP calling。 二、 背景知识 (1) 变异和突变 变异,指的是实际测序数据与国际规定的参考基因组之间的区别。很多变异其实只是造成人类多样性的原因...
001、使用conda安装bcftools, 调用报错如下: [root@PC1 ~]# conda install bcftools -c bioconda ## conda安装 [root@PC1 ~]# bcftools ## 调用测试 002、解决方法1 [root@PC1 ~]# conda remove bcftools -y ## 卸载已安装bcftools [root@PC1 ~]# conda install -c bioconda -c conda-forge bcftools...
bcftools可以对VCF文件进行注释,即为每个变异位点添加额外的信息,如功能注释、通用注释和人群频率等。这些注释可以帮助研究人员更好地理解基因组变异的功能和分布。 在bcftools中,常用的注释功能包括功能预测、通用注释和人群频率注释。功能预测可以根据变异位点的位置和类型,预测其可能的功能影响,如非编码区突变、错义突变...
制作bcftools镜像 一 创建虚机测试用的磁盘镜像文件 使用bximage命令创建一个10M的hdd.img(如果没有bximage,安装bochs)。 当然,也可以使用dd命令来创建,这里不在赘述,可以参考man dd。 接着,创建一个连接到hdd.img 文件的loop device。 losetup /dev/loop1 hdd.img...
反向过滤 ( https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#expressions ) bcftools view -e ‘CHROM~”M” || CHROM~”_” || QUAL<30 || MAX(FMT/GQ)<20 || MAX(FMT/DP)<8 || AVG(FMT/DP)<5 || (COUNT(FMT/GT="het")>10 && MAX(FMT/AD[*:1]/FMT/DP[*])<0.2) || MAX(FMT...
bcftools stats 命令可以用于统计 SNP 和 Indel 的信息,如统计文件中 SNP 和 Indel 的数量: bcftools stats file.vcf > stats.txt 4. 注释 SNP 和 Indel bcftools annotate 命令可以用于注释 SNP 和 Indel,如注释 dbSNP 中的 rsID: bcftools annotate -a dbsnp.vcf -c ID file.vcf > annotated.vcf ...