首先利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和inde索引格式,因为bcftools的输入文件有这两项,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz bcftools index ExAC.vcf.gz 拆分、筛选、合并 使用bcftools可以方便地对VCF.gz文件进行拆分、筛选和合并,以下是具体的命令: 1. ...
001、使用conda安装bcftools, 调用报错如下: [root@PC1 ~]# conda install bcftools -c bioconda ## conda安装 [root@PC1 ~]# bcftools ## 调用测试 002、解决方法1 [root@PC1 ~]# conda remove bcftools -y ## 卸载已安装bcftools [root@PC1 ~]# conda install -c bioconda -c conda-forge bcftools...
# 运行完后,界面会出现如下结果,则证明安装成功。 此时再次运行bcftools,应该就不会有报错的问题。 但是,如果还有其他报错: bcftools: symbol lookup error: /usr/local/bin/gsl_2.6/lib/libgsl.so.25: undefined symbol: cblas ctrmy 解决办法:libgsl.so.25链接已有的/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so.23:...
或者,如果库文件安装在/usr/local/lib下: export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH 现在,你可以尝试再次安装bcftools。如果你是通过conda进行安装的,运行以下命令: conda install bcftools 这将重新安装bcftools,并尝试解决依赖问题。如果一切顺利,你应该能够成功安装bcftools并正常使用它。 此外,为了...
bcftools安装 1、下载 下载地址:SAMtools/BCFtools/HTSlib - Downloads(http://www.htslib.org/download/) wget -c https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.14/bcftools-1.14.tar.bz2 tar xjvf bcftools-1.14.tar.bz2 2、编译 cd bcftools-1.14 ...
基因数据处理26之bcftools安装和使用 bcftoolsbcsedgithub文章分类OpenStack云计算 1.下载: https://github.com/samtools/bcftools 2.安装 make make install 3.结合samtools使用 对排序好的bam数据用samtools生成bcf文件: xubo@xubo:~/xubo/data/testTools/se$ samtools mpileup -ugf ../hs38DH.fa...
bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具,它可以处理VCF格式,也可以处理VCF对应的二进制文件。 github的地址如下 https://github.com/samtools/bcftools 安装过程如下 wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.8/bcftools-1.8.tar.bz2 ...
每次用conda安装软件,都是直接到https://anaconda.org/网站搜索软件的名字,直接复制下载 但是安装完了以后 输入bcftools,不能用! (base)$ bcftools bcftools:errorwhileloading shared libraries:libcrypto.so.1.0.0:cannot open sharedobjectfile:Nosuch file or directory ...
bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具,它可以处理VCF格式,也可以处理VCF对应的二进制文件。 github的地址如下 https://github.com/samtools/bcftools 安装过程如下 代码语言:javascript 复制 wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.8/bcftools-1.8.tar.bz2 ...
bcftools安装 简介:bcftools安装 编译安装bcftools: tar xvf bcftools-1.9.tar.bz2cd bcftools-1.9./configure --prefix=/opt/bcftools1.9makemake install 编译安装Bcftools: gedit ~/.bashrc#Samtools1.9export PATH=/opt/bcftools1.9/bin:$PATHsource ~/.bashrc...