bcftools view 命令可以用于可视化 SNP 和 Indel,如将文件中的 SNP 和 Indel 可视化为 HTML 文件: bcftools view -H -v snps file.vcf | vcfutils.pl varFilter -d 5 > filtered.vcf bcftools view -H -v indels file.vcf | vcfutils.pl varFilter -d 5 >> filtered.vcf bcftools stats filtered.vcf ...
基本语法:bcftools filter [选项] 输入文件.vcf.gz -o 输出文件.vcf 常见过滤条件: 质量过滤:使用-e选项来定义质量阈值,只保留质量得分高于阈值的变异。bcftools filter -e 'QUAL > 20' input.vcf.gz -o filtered.vcf 深度过滤:使用-e选项来定义最小深度(DP)阈值,只保留深度大于阈值的变异。bcftools filter ...
bcftools view 命令可以用于可视化 SNP 和 Indel,如将文件中的 SNP 和 Indel 可视化为 HTML 文件: bcftools view-H-v snps file.vcf|vcfutils.pl varFilter-d5>filtered.vcf bcftools view-H-v indels file.vcf|vcfutils.pl varFilter-d5>>filtered.vcf bcftools stats filtered.vcf>stats.txt plot-vcfstats-...
6.9 bcftools filter [OPTIONS] FILE该命令用于固定阈值过滤commandDescription -e, --exclude EXPRESSIION 接表达式命令,当时表达式返回为真值时,排除该位点。表达式命令和使用见表达式部分 -g, --SnpGap INT 过滤indel 附近的 SNPs 位点。下面的例子展示了 --SnpGap 3 参数删除INDEL附近3bp内的SNPs位点:4号位置...
bcftools filter -e 'GQ > 30' input.vcf.gz -o filtered.vcf 多个过滤条件的组合:您可以组合多个过滤条件来更精确地筛选变异。可以使用逻辑运算符(如&&和||)来连接条件。 bcftools filter -e 'QUAL > 20 && DP > 10' input.vcf.gz -o filtered.vcf ...
1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令: 1 bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip ...
bcftools filter可用于从BCF文件中过滤变异。bcftools filter\--threads n\-i'%QUAL>=20'\-O v\-o...
bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP: bcftools filter -i '%QUAL>20' file.vcf > filtered.vcf 3. 统计 SNP 和 Indel bcftools stats 命令可以用于统计 SNP 和 Indel 的信息,如统计文件中 SNP 和 Indel 的数量: ...
bcftools filter-i' FILTER=='PASS' && DP>20 && GQ>100 && QUAL>100''$outDIR'_norm/'$out_basename'--output'$outDIR'/'$out_basename'--output-type z 3. 提取 突变位点的AD和DP,顺便可以计算 VAF(习惯使用awk,所以下面的都是awk了..): ...
bcftools filter[选项]输入文件.vcf.gz-o 输出文件.vcf 常见过滤条件: 质量过滤:使用-e选项来定义质量阈值,只保留质量得分高于阈值的变异。bcftools filter -e 'QUAL > 20' input.vcf.gz -o filtered.vcf 深度过滤:使用-e选项来定义最小深度(DP)阈值,只保留深度大于阈值的变异。bcftools filter -e 'DP > ...