请问autodock4与autodock vina的区别 我知道vina是新版本,计算速度比原来快了不少 还有算法上存在区别。
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...
首先,简单提下Autodock vina 和 Autodock4的区别,可以这么理解,Autodock vina 是Autodock4的提升改进版本,vina拥有更好的计算方法和优化函数,分子对接速度和精确度会更高一些,如果是想要用分子对接进行一些实验验证,本文建议可以直接学习vina的软件操作,以下为vina的安装和环境配置流程。 下载vina安装包 官网下载安装包...
AutoDock和AutoDock Vina是十分常用的分子对接软件。在PyMOL中可使用AutoDock插件为AutoDock及AutoDock Vina的运行提供一个图形用户界面(GUI),非常方便直观的进行分子对接。使用该插件需要已经正常安装ADT/AutoDockTools以及已经下载并安装AutoDock 和/或 AutoDock Vina。下面简单介绍在Linux系统下AutoDock、AutoDock Vina...
共价对接 化学机制研究 2AutoDock软件 目前这个软件包括多个互补的工具：Autodock Vina：是一种即用型分子对接程序，使用快速梯度优化构想搜索算法和简单的评分函数。AutoDock4：基于经验自由能力场和快速lamarckian 遗传算法的对接程序。Raccoon2：虚拟筛选的交互图形界面和分析。AutoDockTools（ADT）：图形交互界面，用来...
4.AutoDock vina教学视频-Win系统下多个配体与多个受体对接, 视频播放量 429、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 13、转发人数 1, 视频作者 中科科翼, 作者简介 计算模拟,专业更专注, 真诚服务,科学更严谨, 中科科翼,专业计算模拟技术服务商, 您提需求,我
使用AutoDockVina执行docking预测。 在windows命令行提示符或linux终端下运行命令 vina--config conf.txt,大概需要几分钟时间。 2. 输出结果包含两个文件,构象文件dockingResult.pdbqt和日志文件docking.log。 dockingResult.pdbqt: 包含所有docking的模式,通常第一个为结合最好的构象,但如果前几个能量值相差不大时也有...
Autodock4(A4)和Autodock Vina(AV)区别 看下官方文件 两者都是Molecular Graphics Lab开发的,都可以通过AutoDock Tools(ADT)查看结果。 1 AV比A4预测的精确性更高 2 也可以ADT可视化操作。A4中需要的GPF,DPF,map文件不需要了(用A4必须有这些步骤)。 3 AV比A4操作简单 4 速度更快,时间更短。 5 可变的侧链...