第三种方案:自己电脑(Win+Linux虚拟机)使用Vina 1.在两个系统上分别安装conda 2.Linux conda安装Vina、ADFR 3.到Github下载Vina源码包,放进Linux虚拟机下解压,找到里面的/example/autodock_scripts,把这个路径记录下来,使用的时候方便(如果你想自动生成用于对接的map文件才需要这一步,对接盒子也可以用LePro生成的...
本脚本在Linux(Ubuntu)系统上进行了测试,但理论上也可以在安装了相应软件的Windows系统(如使用Cygwin或Windows Subsystem for Linux)上运行。 2. AutoDock Vina AutoDock Vina是一个开源的分子对接软件,用于预测小分子配体与生物大分子(如蛋白质)之间的结合模式。需要从AutoDock Vina的官方网站或GitHub仓库下载并安装它...
Vina uses a united-atom scoring function. As in AutoDock, polar hydrogens are needed in the input structures to correctly type heavy atoms as hydrogen bond donors. However, in Vina, the degrees of freedom that only move hydrogens, such as the hydroxyl group torsions, aredegenerate.Therefore,...
tar -xvf autodocksuite-4.2.6-x86_64Linux2.tar 解压得到文件夹里含有autogrid4和autodock4文件,由于该软件已经提前编译,可直接使用,可以将程序放在任意自己容易找到的文件夹下。 AutoDock Vina下载地址: https://vina.scripps.edu/downloads/ 这里我们选择下载“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”; 下载...
下面我们将分别介绍AutoDock和AutoDock-vina等对接工具的安装教程,包括在不同操作系统上的安装步骤。一、AutoDock的安装 下载安装包根据所使用的操作系统,从官网下载对应的安装包。对于Linux系统,可以选择下载预编译的二进制包;对于Windows系统,需要先安装MinGW和MSYS,然后再下载预编译的Windows安装包;对于Mac OS系统,...
2个4核心节点启动8个并行任务,每个任务使用1个cpu核心。 sbatch -N1-p c-4-1 -n4-c1AutoDockVina.sh 查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。 结果文件下载请查看Linux数据传输。 三. AutoDockTools AutoDockTools 是为了能让用户更方便地使用 AutoDock 而开发的带图形用户界面的配套软件。使用...
1. **使用sudo安装Vina**：如果你使用的是Ubuntu系统，可以直接通过以下命令进行安装：sudo apt-get install autodock-vina在执行此命令时，系统会提示输入根目录密码。输入密码后，安装过程会自动进行。注意：如果你的计算机不支持sudo操作或使用其他Linux发行版，请尝试使用conda或从GitHub直接下载源代码包...
接下来需要对PDB文件转换成Vina可识别的PDBQT文件,并且同时进行加氢。这就需要借助mgltools中的prepare_receptor4.py进行数据转换。使用openbabel也可以,但是在以前的实践中,利用openbabel去转换文件格式并且输入到Vina会报错,提醒PDBQT文件格式不符合要求。 为避免不必要的麻烦,因此需要安装mgltools: ...
首先，确保已安装ADT/AutoDockTools和AutoDock Vina。在Linux系统中，从指定链接下载AutoDock v4.2.6，解压后进入目录并用终端进行安装。下载AutoDock Vina的“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”并解压。MGLTools可通过下载安装器获取，安装AutoDock plugin需在PyMOL中进行，通过“Plugin Manager”...