请问autodock4与autodock vina的区别 我知道vina是新版本,计算速度比原来快了不少 还有算法上存在区别。
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...
2.AutoDock Vina AutoDock Vina是继Autodock4后，由斯克里普斯研究所设计制作的新一代分子对接软件。不需要对配体和受体选择原子类型和预计算网格图，AutoDock Vina被认为在结合模型预测的平均准确性上相对于它的前辈AutoDock 4.1有明显提高，速度上比AutoDock 4.1快大概两个数量级。3.AutoDockTools AutoDockTools...
Docking算法需要每个原子带有电荷并且需要标记原子autodock vina 结果分析的属性。这些信息通常未包含在PDB文件中。autodock vina 结果分析我们需要在对蛋白和小分子autodock vina 结果分析的PDB文件预处理,生成PDBQT文件同时包含以上信息和PDB文件中的原子坐标信息。进一步地对于“柔性配体docking”,autodock vina 结果分析我...
这期内容承接之前分子对接第二弹的内容,主要给大家介绍一下如何使用 Autodock Vina方式实现分子对接。AutodDock Vina是一款由MGL实验室开发的分子对接软件。总体而言,AutoDock操作较为繁琐,对于运行环境要求也…
总目录 分子对接1:PyMOL进行可视化[https://www.jianshu.com/p/18b4d56dc516]分子对接2:Autodock Vina进行分子对接[h...
AutoDock是一款开源的分子模拟软件,为科研工作者研究生物大分子(蛋白质)与小分子(配体)复合物的相互作用,提供了极大的便利。与AutoDock相比,AutoDock Vina显著提高了结合模式预测的平均准确性,通过下图AutoDock 4开发中使用的训练集测试可以看出[1]。本文简单介绍了如何分析AutoDock Vina对接后的氢键作用及相关作图。
请问autodock4与autodock vina的区别 我知道vina是新版本,计算速度比原来快了不少 还有算法上存在区别。
AutoDock Vina可以说是用于分子对接的最快和最广泛的开源程序之一。然而,与AutoDock套件中的其他程序相比,它缺乏对特定功能的建模支持,如大环或显式水分子。为此,来自美国斯克里普斯研究中心的Stefano Forli教授等人,在AutoDock Vina 1.2.0中改进实现了上述功能。此外,研究者还实现了Python绑定,以促进脚本编制和对接工作...