首先,简单提下Autodock vina 和 Autodock4的区别,可以这么理解,Autodock vina 是Autodock4的提升改进版本,vina拥有更好的计算方法和优化函数,分子对接速度和精确度会更高一些,如果是想要用分子对接进行一些实验验证,本文建议可以直接学习vina的软件操作,以下为vina的安装和环境配置流程。 下载vina安装包 官网下载安装包...
这个视频主要介绍了Autodock Vina 对接结果分析,以及怎么生成复合物的PDB文件。用到的软件有Autodock Tools, Pymol, UCSF Chimera, vina_split。, 视频播放量 40170、弹幕量 22、点赞数 584、投硬币枚数 448、收藏人数 1153、转发人数 224, 视频作者 钰沐菡-YuMuhan, 作者
请问autodock4与autodock vina的区别 我知道vina是新版本,计算速度比原来快了不少 还有算法上存在区别。
4.AutoDock vina教学视频-Win系统下多个配体与多个受体对接, 视频播放量 429、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 13、转发人数 1, 视频作者 中科科翼, 作者简介 计算模拟,专业更专注, 真诚服务,科学更严谨, 中科科翼,专业计算模拟技术服务商, 您提需求,我
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...
2.AutoDock Vina AutoDock Vina是继Autodock4后，由斯克里普斯研究所设计制作的新一代分子对接软件。不需要对配体和受体选择原子类型和预计算网格图，AutoDock Vina被认为在结合模型预测的平均准确性上相对于它的前辈AutoDock 4.1有明显提高，速度上比AutoDock 4.1快大概两个数量级。3.AutoDockTools AutoDockTools...
分子对接2d图用Autodock-Vina分析。 在开始蛋白-分子的互作分析前,我们当然需要一个蛋白-分子结合文件图,即一个PDB文件。通常,在使用软件完成蛋白-分子对接后,我就能利用对应的软件去提取蛋白-分子结合的文件,即PDB文件。不同的软件有不同的方法。 以Autodock-Vina为例。
PyMOL教程 | 使用AutoDock\\Vina进行分子对接 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。历史最早可追溯到Fisher于1894…