在所有免费开源的分子对接软件中,auto dock 是非常经典的,其升级版,auto dock vina 表现更好。通常情况下,我们需要分别下载Auto dock vina 和auto dock tools ,然后是使用tools 来准备蛋白质和小分子(多肽),比如删除水分子,添加电荷,定义对接盒子的位置和大小等,然后使用Auto dock vina 来运算,得到结果。 我将介...
使用AutoDockTools为AutoDock Vina分子对接准备蛋白质分子文件, 视频播放量 2077、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 29、转发人数 6, 视频作者 盐城盐粒子, 作者简介 化学、物理、钢笔、硬笔、书法、摄影。,相关视频:使用autodock Vina 进行分子对接,使用Aut
本视频简要介绍了如何安装AutoDock Vina。AutoDock Vina官网:https://vina.scripps.edu/AutoDock Vina百度网盘下载链接:https://pan.baidu.com/s/1o2KIoE3slTfYJgkUuU67XA?pwd=4mzw 提取码: 4mzw, 视频播放量 2532、弹幕量 1、点赞数 35、投硬币枚数 17、收藏人数 56、转
一、Autodock vina安装与配置 下载vina安装包 下载AutodockTools 安装下vina提升版本(选看) 二、分子对接流程 受体预处理 配体预处理 设置对接盒子 进行对接 对接结果分析 一、Autodock vina安装与配置 首先,简单提下Autodock vina 和 Autodock4的区别,可以这么理解,Autodock vina 是Autodock4的提升改进版本,vina拥...
AutoDock-Vina 是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序,由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现,是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。
autodock vina 结果分析我们需要在对蛋白和小分子autodock vina 结果分析的PDB文件预处理,生成PDBQT文件同时包含以上信息和PDB文件中的原子坐标信息。进一步地对于“柔性配体docking”,autodock vina 结果分析我们还需要定义配体的柔性部分和刚性部分。所有这些都可以通过软件AutoDock Tools (adt)来完成。
AutoDock Vina是继Autodock4后，由斯克里普斯研究所设计制作的新一代分子对接软件。不需要对配体和受体选择原子类型和预计算网格图，AutoDock Vina被认为在结合模型预测的平均准确性上相对于它的前辈AutoDock 4.1有明显提高，速度上比AutoDock 4.1快大概两个数量级。3.AutoDockTools AutoDockTools简称ADT，ADT就是一...
安装AutoDock Tools 五、分子对接模拟的操作步骤 5.1 创建配体 pdbqt 文件 5.2 创建受体(柔性和刚性)pdbqt 文件 5.3 创建 Grid box 5.4 创建 Input 文件 5.5 运行 AutoDock Vina Bug 一、 导读 蛋白质与配体的相互作用研究,一直是药物设计和生物化学研究的热点。而分子对接模拟作为一种强大的工具,能够预测小分子...
下面我们将分别介绍AutoDock和AutoDock-vina等对接工具的安装教程,包括在不同操作系统上的安装步骤。一、AutoDock的安装 下载安装包根据所使用的操作系统,从官网下载对应的安装包。对于Linux系统,可以选择下载预编译的二进制包;对于Windows系统,需要先安装MinGW和MSYS,然后再下载预编译的Windows安装包;对于Mac OS系统,...