请问autodock4与autodock vina的区别 我知道vina是新版本,计算速度比原来快了不少 还有算法上存在区别。
有两个方面,我认为dock6更好: 1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不...
MaXFlow对接所采用的程序就是开源的AutoDock Vina,使用时可以保证与开源程序相同的对接准确度。 MaXFlow将AutoDock Vina程序的参数进行了可视化,在图形界面上即可进行参数设置,用起来比较方便。不需要准备.pbdqt格式的文件,大大地提高了工作效率。 分子对接工作流(左)及结果展示(右) Q2:MaXFlow与传统的分子模拟软件有...
有人用过。 Autodock是一款开源的分子模拟,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Ols windows批处理 此时不应有f(做autodock vina虚拟筛选出现这个问题,怎么处理?) 下面是代码: @echo offset Path="%Path%;%ProgramFiles(x86)%\ 什么是bioorthogonal反应 In chemical biology, a bioorthogonal c...
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...
还有算法上存在区别。主要想问一下vina在功能上是否能够完全代替autodock4,还是需要autodock4跟vina结合...
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...