此外,本研究还为葫芦科植物的系统发育提供了新的遗传资源,并增进了对该科植物果实成熟过程的理解。 图7.差异可及区(DAR)距离标注及DAR的IGV可视化与motif 分析 总结 ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文...
A. 作者使用发表过的小鼠肝和肾的ATAC-seq数据来比较分析方法。 B. 作者比较了用edgeR、limma和DESeq2得出的组织特异的DAR。(DESeq2 and limma:padj < 0.01;edgeR:FDR < 0.01)显示出3种方法在确定组织特异的DAR有比较高的一致性。 C. 作者用down-sampling法来评价三种方法在真实数据上的性能。作者将在每一...
这些结果表明，1-MCP的处理显著改变了染色质的可及性（图2C）。图2 （A）基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图；（B）1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域（DAR）的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs，蓝色圆圈表示下调的DARs；（C）不同处理的木瓜...
这说明了snATAC-seq是检验成人肾脏可及性染色上可靠的方法。同时发现,大多数DAR(差异可及性染色质区域)位于距离最近的转录起始位点3kb以内的启动子区域。 图5 差异可及性区域的调控元件堆积比例图 例如:LRP2在近端小管中表达的谱系特异性,其启动子和基因体内的ATAC峰数量和幅度在PT细胞中(包括PCT,PST,PT_VCAM1...
F. 基因表达及其pomoter区对应DAR的相关性分析。 4. 通过移除不需要的变量的方法来改进ATAC-seq差异分析 批次效应去除方法——RUVSeq(去除不需要的变化,R包)。 由于这个包经常使用在RNA-seq数据上,作者测试了RUVSeq包在两个ATAC-seq数据差异分析上的性能。
染色质开放调节RNA聚合酶II和转录因子的结合。通过使用DAR的基序来寻找在干旱处理下具有活性的潜在转录因子,从而鉴定DEG中转录因子的结合位点。 DEG中鉴定出差异表达的转录因子,干旱后分别有23个和16个转录因子表达上调和下调(图6A)。结合DAR的基序,最终获得了9种在干旱条件下具有显著染色质结合基序的差异表达转录因子...
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
这一点通过直接检查示范髓质基因座CLDN14的多组学景观得到了证实(图5c)。许多与肾脏性状相关的GWAS变异集中在髓质中接近差异表达基因的可接近染色质区域(例如,CLDN14和WNT7B)。这些数据证实,DAR和染色质环与DEG相关,可用于解剖皮质和髓质特异性调控程序,这些程序驱动基因表达和对复杂肾脏相关性状的遗传易感性。
利用从眼睛间不同AMD阶段患者获得的RNA-Seq数据,观察到ATAC-Seq峰值强度与视网膜和RPE中的基因表达高度相关(图4e)。在不对称AMD阶段的患者中,DAR相关基因在晚期较早期AMD更可能被下调(P=1.1×10-5,图4f)。结果表明,改变视网膜结合部位的染色质可及性和富含色素的TFs导致AMD相关基因的表达减少。
Conclusion: FGF7, GPD1L, NFIB, RUNX2, and VCAM1 were the overlapped genes from the DAR-associated genes and DEGs. These genes were associated with the abnormal chondrocyte function, which may play crucial roles in different processes between KBD and OA in the way ...