这些结果表明，1-MCP的处理显著改变了染色质的可及性（图2C）。图2 （A）基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图；（B）1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域（DAR）的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs，蓝色圆圈表示下调的DARs；（C）不同处理的木瓜...
此外,本研究还为葫芦科植物的系统发育提供了新的遗传资源,并增进了对该科植物果实成熟过程的理解。 图7.差异可及区(DAR)距离标注及DAR的IGV可视化与motif 分析 总结 ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文...
经过进一步分析,基因表达的变化与位于TSS上下游100Kb范围内的DAR呈正相关(Pearson相关系数r=0.6),表明染色质开放性的改变有助于MCF7-DR细胞中同多柔比星耐药性相关基因,如MT1E,GPX1,LDHB和TPM2的差异表达(图3G)。 Figure 3.Identification and analysis of differentially accessible regions (DARs) 4. 与DAR正...
许多与肾脏性状相关的GWAS变异集中在髓质中接近差异表达基因的可接近染色质区域(例如,CLDN14和WNT7B)。这些数据证实,DAR和染色质环与DEG相关,可用于解剖皮质和髓质特异性调控程序,这些程序驱动基因表达和对复杂肾脏相关性状的遗传易感性。 图5: 6.髓质基因表达程序转录因子驱动因子的鉴定 为了鉴定驱动髓质基因表达的转...
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
这一点通过直接检查示范髓质基因座CLDN14的多组学景观得到了证实(图5c)。许多与肾脏性状相关的GWAS变异集中在髓质中接近差异表达基因的可接近染色质区域(例如,CLDN14和WNT7B)。这些数据证实,DAR和染色质环与DEG相关,可用于解剖皮质和髓质特异性调控程序,这些程序驱动基因表达和对复杂肾脏相关性状的遗传易感性。
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
F. 基因表达及其pomoter区对应DAR的相关性分析。 4. 通过移除不需要的变量的方法来改进ATAC-seq差异分析 批次效应去除方法——RUVSeq(去除不需要的变化,R包)。 由于这个包经常使用在RNA-seq数据上,作者测试了RUVSeq包在两个ATAC-seq数据差异分析上的性能。
染色质开放调节RNA聚合酶II和转录因子的结合。通过使用DAR的基序来寻找在干旱处理下具有活性的潜在转录因子,从而鉴定DEG中转录因子的结合位点。 DEG中鉴定出差异表达的转录因子,干旱后分别有23个和16个转录因子表达上调和下调(图6A)。结合DAR的基序,最终获得了9种在干旱条件下具有显著染色质结合基序的差异表达转录因子...
该团队为了进一步验证FAD 突变是否会在已知的 AD 风险变异附近造成不同的可及性,接着,将多个 GWAS 数据库中已发表的 AD 遗传变异与三种 FAD 突变中发现的所有 DARs 进行了交叉分析,发现了 67 个变异位于至少一个 FAD 突变的 DAR 内,14 个变异在所有三个突变中共同存在。