这些结果表明，1-MCP的处理显著改变了染色质的可及性（图2C）。图2 （A）基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图；（B）1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域（DAR）的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs，蓝色圆圈表示下调的DARs；（C）不同处理的木瓜...
此外,本研究还为葫芦科植物的系统发育提供了新的遗传资源,并增进了对该科植物果实成熟过程的理解。 图7.差异可及区(DAR)距离标注及DAR的IGV可视化与motif 分析 总结 ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文...
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
PCA(Pearson correlation analysis)(图2A)显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96,1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98,不同生物学重复之间具有高相关系数,这表明了该研究采样和数据的可靠性。在1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图显示,与对照组相比,1-MCP处...
这一点通过直接检查示范髓质基因座CLDN14的多组学景观得到了证实(图5c)。许多与肾脏性状相关的GWAS变异集中在髓质中接近差异表达基因的可接近染色质区域(例如,CLDN14和WNT7B)。这些数据证实,DAR和染色质环与DEG相关,可用于解剖皮质和髓质特异性调控程序,这些程序驱动基因表达和对复杂肾脏相关性状的遗传易感性。
这说明了snATAC-seq是检验成人肾脏可及性染色上可靠的方法。同时发现,大多数DAR(差异可及性染色质区域)位于距离最近的转录起始位点3kb以内的启动子区域。 图5 差异可及性区域的调控元件堆积比例图 例如:LRP2在近端小管中表达的谱系特异性,其启动子和基因体内的ATAC峰数量和幅度在PT细胞中(包括PCT,PST,PT_VCAM1...
F. 基因表达及其pomoter区对应DAR的相关性分析。 4. 通过移除不需要的变量的方法来改进ATAC-seq差异分析 批次效应去除方法——RUVSeq(去除不需要的变化,R包)。 由于这个包经常使用在RNA-seq数据上,作者测试了RUVSeq包在两个ATAC-seq数据差异分析上的性能。
染色质开放调节RNA聚合酶II和转录因子的结合。通过使用DAR的基序来寻找在干旱处理下具有活性的潜在转录因子,从而鉴定DEG中转录因子的结合位点。 DEG中鉴定出差异表达的转录因子,干旱后分别有23个和16个转录因子表达上调和下调(图6A)。结合DAR的基序,最终获得了9种在干旱条件下具有显著染色质结合基序的差异表达转录因子...
该团队为了进一步验证FAD 突变是否会在已知的 AD 风险变异附近造成不同的可及性,接着,将多个 GWAS 数据库中已发表的 AD 遗传变异与三种 FAD 突变中发现的所有 DARs 进行了交叉分析,发现了 67 个变异位于至少一个 FAD 突变的 DAR 内,14 个变异在所有三个突变中共同存在。
此外,携带变异的DAR在与代谢和免疫应答相关的QTL中显著富集,尤其是在体重增加这一表型上尤为明显。特别关注来自129和B6品系的QTL时,还发现了这些变异区域与氧化应激和骨密度增加等表型的强烈关联。这些结果强调了遗传变异与染色质可及性之间的紧密联系,并提示有必要深入探究遗传变异如何通过调控染色质可及性进而影响肥胖...