1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
研究技术:ATAC-seq、ChIP-seq、BS-seq、RNA-seq、Hi-C 主要内容: 通过ATAC-seq和ChIP-seq等技术手段鉴定了玉米穗部和雄穗发育过程中的开放染色质区域 (OCRs),并分析了这些区域周围的组蛋白修饰和DNA甲基化特征。利用RNA-seq数据集研究了穗部和雄穗中差异表达的基因,并探讨了这些基因的顺式和反式调控机制。通...
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
图2 (A)基于ATAC-seq reads数的Pearson相关性聚类热图;(B)1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图。FDR≤0.05且倍数变化≥1.2或≤0.8表示DAR显著。红色圆圈表示上调的DARs,蓝色圆圈表示下调的DARs;(C)不同处理的木瓜果实样品之间DARs在基因组区域(启动子、内含子、编码外显子和远端基因间区域)内...
涉及主要技术:Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、snATAC-seq、空间转录组 1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),...
4. 通过移除不需要的变量的方法来改进ATAC-seq差异分析 批次效应去除方法——RUVSeq(去除不需要的变化,R包)。 由于这个包经常使用在RNA-seq数据上,作者测试了RUVSeq包在两个ATAC-seq数据差异分析上的性能。 结论 当需要高敏感性时或者样本数有限时,作者推荐使用edgeR来找DAR。
干旱条件下的转录组差异分析表明DEG与DAR显著不同。这可能表明,作为主要反应的染色质可及性的变化可能通过各种调节途径产生不同的影响。RNA-seq和ATAC-seq的联合分析可以筛选对基因表达有显著影响的开放染色质区域。 图4.差异ATAC分析结果 4.联合分析揭示了染色质开放依赖途径和相关基因 ...
这说明了snATAC-seq是检验成人肾脏可及性染色上可靠的方法。同时发现,大多数DAR(差异可及性染色质区域)位于距离最近的转录起始位点3kb以内的启动子区域。 图5 差异可及性区域的调控元件堆积比例图 例如:LRP2在近端小管中表达的谱系特异性,其启动子和基因体内的ATAC峰数量和幅度在PT细胞中(包括PCT,PST,PT_VCAM1...
图1 RNA-seq和ATAC-seq数据分析 2、HNP和CH22细胞的染色质差异可接近性区域分析(DAR) 与HNP相比,在CH22中确定了313个增加的DAR 和 1,749 个减少的DAR。DAR的motif分析显示CTCF、Nkx2-2、Tcfe2a_2、MED-1 和 E2Amotif在CH22中高度富集。还确定了DAR中的DEG,如GDA、TBXT和PAX1(图1D)。GO分析显示DAR中...
整合RNA-seq 和 ATAC-seq 数据分析,染色质可及性变化与基因表达变化高度相关。例如,与非外胚层去分化、早期神经元谱系相关等基因在至少一种突变中与染色质可及性变化存在强相关性。此外,作者还鉴定到了许多基因在启动子或增强子区域的染色质可及性变化与其基因表达变化一致。