在本教程中,我们将对来自10X和snATAC-seq技术产生的成年小鼠大脑的单细胞ATAC-seq测序数据进行整合分析。该示例的所有数据可以从以下链接进行下载:http://renlab.sdsc.edu/r3fang/share/github/Mouse_Brain_10X_snATAC/ image.png 分析流程 Step 0. Download data ...
GUAVA depends on other tools in order to process ATAC-seq data (e.g. Bowtie for alignment). If any of the dependencies are not found on the system, GUAVA will not work properly. Therefore, to help users to install the dependencies, we have written a program called configure.sh, which ...
传统的降维和可视化方法像PCA和t-SNE,以及基于样本距离聚类的方法都无法在单细胞ATAC-seq数据上取得很好的效果。另外,由于单细胞ATAC-seq相比于单细胞RNA-seq数据,具有二值化和更加稀疏的特性,直接应用单细胞RNA-seq的软件和方法来分析单细胞ATAC...
接下来,我们将移除那些不需要的染色体上的信息。 chr.exclude=seqlevels(x.sp@feature)[grep("random|chrM",seqlevels(x.sp@feature))];idy=grep(paste(chr.exclude,collapse="|"),x.sp@feature);if(length(idy)>0){x.sp=x.sp[,-idy,mat="bmat"]};x.sp## number of barcodes: 4100## number o...
1.chip_seq 2.DNase_seq 3.ATAC_seq 该数据库最大的亮点在于提供了一个标准化的分析结果模板, 整个分析结果包含了下图所示的3大内容 Visualization, 提供了对应的物种,转录因子名称,文献等注释信息,以及常规的QC指标和基因组浏览器的可视化结果 Data, 提供了bed,bigwig格式的peak calling结果,以及BETA软件预测的pe...
单细胞ATAC-seq数据具有以下几个特点:高维度,即可以检测到的可能开放区域高达几十万;二值性,即每个开放区域在二倍体基因组上通常只有两个拷贝,造成数据接近于二值化;极端稀疏性,由于细胞异质性以及技术原因,导致对每一个单细胞都有大量开发区域没有信号。这些数据特征给单细胞异质性分析带来了巨大的挑战【3】。传...
通过ATAC-seq来定义细胞类型和状态 与单细胞RNA-seq一样,单细胞ATAC-seq也可以对相似的细胞类型和状态进行鉴定和聚类。不过,scATAC-seq数据所用的细胞类型注释方法略有不同。使用scATAC-seq进行细胞注释的最简单的方法是将开放启动子区域作为转录活性的信号。
ATAC_seq 该数据库最大的亮点在于提供了一个标准化的分析结果模板, 整个分析结果包含了下图所示的3大内容 Visualization, 提供了对应的物种,转录因子名称,文献等注释信息,以及常规的QC指标和基因组浏览器的可视化结果 Data, 提供了bed,bigwig格式的peak calling结果,以及BETA软件预测的peak对应的靶基因 ...
1.Hi-C、ChIA-PET、ATAC-seq + Cicero共有的局限性:距离并不等于相互作用。 2.Hi-C、ChIA-PET、ATAC-seq + Cicero大部分一致,少量不一致,也不知道到底该信谁。 原文: The primary limitation of Cicero is the putative nature of the regulatory connections it identifies. Determining whether a distal DNA...
DNase_seq ATAC_seq 该数据库最大的亮点在于提供了一个标准化的分析结果模板, 整个分析结果包含了下图所示的3大内容 Visualization, 提供了对应的物种,转录因子名称,文献等注释信息,以及常规的QC指标和基因组浏览器的可视化结果 Data, 提供了bed,bigwig格式的peak calling结果,以及BETA软件预测的peak对应的靶基因 ...