Yan F, Powell DR, Curtis DJ, Wong NC. From reads to insight: a hitchhiker's guide to ATAC-seq data analysis. Genome Biol. 2020 Feb 3;21(1):22. doi: 10.1186/s13059-020-1929-3. PMID: 32014034; PMCID: PMC6996192.
建议大家使用fastp的默认参数,因为ATAC-seq的片段长度只有50bp左右。因此很多公司给的clean data是150bp的话是不合理的,可能会导致很多信息被漏掉(这是我掉的坑)。 拿到过滤后的fq文件之后,需要把其比对到基因组上,因为是不考虑剪切比对,所以我们使用bowtie2: bowtie2 -p 20 -x /sdd/xujiahao/chip/bowtie2_...
mkdir-p analysis/fastqc foriin`seq 57 62`;dofastqc data/raw_data/SRR58746${i}_{1,2}.fastq.gz-o analysis/qc&done # multiqc汇总 multiqc analysis/qc/-o analysis/qc/ FastQC结果大部分都过关,除了在read的各位置碱基含量图上fail。具体原因我还不知道,文章中并没有提到要对原始数据进行预处理。 序...
文献分享:从原始数据开始一步一步分析ATAC-seq 最近在编写全新的ATAC-seq流程,看到一个非常好的文献《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis》文献堪称是目前最全的ATAC-seq的pipeline教程,对比了很多软件,并给出了结论。笔者总结了一些关键点出来供大家共同学习 摘要 ATAC-seq...
git clone https://github.com/yuanj82/NGS-analysis.gitcd NGS-analysis/environmentcp .condarc ~/conda env create --file atac-seq-env.yml # ATAC-seq 创建完成后激活环境就可以使用了: conda activate atac-seq 数据获取与预处理 从NCBI SRA 数据库下载 SRR_Acc_List.txt 文件: 后面的分析都可以基于...
ATAC-seq data analysis: from FASTQ to peaks 基本概念: ATAC-seq和ChIP-seq鉴定出来的peak到底是一些什么区域?除了promotoer就是enhancer TSS enrichment和motif是两个不同的套路,TSS是特指启动区域,每个基因只有一个;另一个就是motif,这就是抓出TF,哪些TF在发挥作用 ...
①https://yiweiniu.github.io/blog/2019/03/ATAC-seq-data-analysis-from-FASTQ-to-peaks/ ②https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/epigenetics/tutorials/atac-seq/tutorial.html 这两个教程非常细致地讲解了从Raw data到ATAC-seq ...
文章From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis给出了完整的 ATAC-seq 分析流程,我这里做个缩减版搬运,文献很简单感兴趣的朋友建议看原文。同时部分图片和知识点来源于别的文献,在参考部分列出。 总体分析步骤见下图,主要包含三大部分。第一是数据前期处理,包含质控以及比对等;第二...
很多ChIP-seq分析软件被用于ATAC-seq分析,但是这些软件在ATAC-seq分析过程中是否完全适用还存在疑问,我们就来看一下澳大利亚莫纳什大学的Yan F.等人于2020年2月在Genome Biology上发表的综述《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysi...
其实呢,现在的ATAC-seq 数据处理的更完善了,见ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600,差异分析也有专门的R包,比如 Diffbind,有一个2020综述《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis》值得看: MACS2 进行 Peak calleing ...