--very-sensitive 不是很理解,是否有了解这个参数具体意义的小可爱呢,感谢解答。
1. 碱基质控与mapping 从公司得到fq文件后,初始的步骤其实与RNA-seq大差不差,都是得到bam文件。我一般就是走fastqc--trim_golare--bowtie2的流程。 但ATAC-seq的mapping 记得带上这个参数--very-sensitive -X 2000。 2. 序列筛选 有几点是ATAC-seq需要特别注意的,序列筛选还是对bam文件或者sam文件进行处理。
序列比对后可以得到BAM后缀的文件,可以用Picard和SAMtools软件来统计Unique比对率、重复reads比例和片段大小分布。 Mapping后需要去除对后续分析产生干扰的reads:1. 配对错误和比对质量比较低的reads需要被剔除;2. 线粒体基因组由于没有染色质组装,处于开放状态,更容易被T...
序列比对后可以得到BAM后缀的文件,可以用Picard和SAMtools软件来统计Unique比对率、重复reads比例和片段大小分布。Mapping后需要去除对后续分析产生干扰的reads:1. 配对错误和比对质量比较低的reads需要被剔除;2. 线粒体基因组由于没有染色质组装,处于开放状态,更容易被Tn5酶切割,所以线粒体序列需要去除;3. ENCODE数据库...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
ATAC-seq是经典的研究染色质开放性手段，将其结果与转录组或其他表观组学关联，即可获得染色质开放性对...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
老熊在前面一讲中系统地介绍了研究表观遗传的尚方宝剑——ChIP-seq技术,在那篇推文里,老熊详解了ChIP-seq的原理和文章中的结果图解读,其实表观遗传涉及到的测序技术很多都是相同的,在数据处理的时候也大同小异,比如都涉及到基因组mapping,然后peak calling...
两个比对工具的软限位策略允许在read的两端有突出碱基,这可以进一步提高unique mapping rate。我们建议,unique mapping rate达到80%以上时认为ATAC-seq实验成功。对于哺乳动物物种,基于经验和计算估计,建议染色质开放区域检测和差异分析至少需要5000万mapped read,TF footprinting至少需要2亿。
paste 0 1 2 > config.clean ##供mapping使用的配置文件 ##相对目录需要理解 cd ~/project/atac/align ##一定要搞清楚自己的bowtie2软件安装在哪里,以及自己的索引文件在什么地方 bowtie2_index=/home/kaoku/refer/mm10/mm10 cat config.clean |while read id; ...