ATAC-seq数据可在 athttps://gdc.cancer.gov/about-data/publications/ATACseq-AWG下载 4.1 理解峰值 主要有两种类型的ATAC-seq计数矩阵,原始矩阵和归一化矩阵,主要包括两组峰值: “癌症类型特异性峰值集”,包含在单个癌症类型中观察到的所有可重复峰。在至少两个样本中观察到了这些峰值,其数值为百万分。>=5>=5...
ATAC_Workshop_Essential.zip- 需要额外的文件和目录结构。 下载上述文件并解压缩ATAC_Workshop.zip后,您应该将Sorted_ATAC_50K_2.bam和Sorted_ATAC_50K_2.bam.bai文件移动到ATAC_Workshop/ATAC_Data/ATAC_BAM/。您还应该将RU_ATAC_Workshop.Rmd复制到ATAC_Workshop/目录,然后打开以确保所有相对路径都是正确的。
# 创建项目文件下mkdir-p ATAC-Seq/{data/raw_data,analysis,script,ref}# 使用sra-tool prefetch下载数据, 数据保存在~/ncbi/public/sraforiin`seq57 62`;doprefetch SRR5874${i}&done# 数据下载完,用fastq-dump解压foriin`seq57 62`;dofastq-dump --split-3 --defline-qual'+'--defline-seq'@$ac...
第一个数据集来自原始ATACseq 论文。我们将使用ATACseq_50k_Rep2示例GEO - GSM1155958可以从ENA以FASTQ格式获取数据。 SAMN02192806 - [here](https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMN02192806“SAMN02192806”) 4.2. data_2 对于第二个数据集,我们将UCSD的Bing Ren生成的ATACseq作为ENCODE联盟的一部分。
Artificial Intelligence Analysis Method for Single-cell ATAC-seq Data Via Feature Extraction 作者:熊 磊 指导教师:张强锋 培养院系:生命科学学院 学科:计算生物学 读博感言:破茧成蝶,不断突破自我边界 研究背景/选题意义/研...
4.3. data_3 最后,我完全按照本次教程中的描述处理了来自MSKCC的Christina Leslie实验室的一些数据,因此我们可以在练习中回顾ATACseq数据的一些特征以及ENCODE管道处理的相同数据。 原始数据和处理后的BAM文件可从ENCODEs门户网站获得 T-Reg - [ENCSR724UJS](https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR724UJS...
fastq-dump--split-3--defline-qual'+'--defline-seq'@$ac-$si/$ri length=$rl'--gzip SRR5874${i}-O data/raw_data& done 质量控制:在数据分析之前先要大致了解手头数据的质量,目前基本就用fastqc了 mkdir-p analysis/fastqc foriin`seq 57 62`;dofastqc data/raw_data/SRR58746${i}_{1,2}....
ATAC-seq data analysis: from FASTQ to peaks 基本概念: ATAC-seq和ChIP-seq鉴定出来的peak到底是一些什么区域?除了promotoer就是enhancer TSS enrichment和motif是两个不同的套路,TSS是特指启动区域,每个基因只有一个;另一个就是motif,这就是抓出TF,哪些TF在发挥作用 ...
4.1. data_1 第一个数据集来自原始ATACseq 论文。我们将使用ATACseq_50k_Rep2示例GEO - GSM1155958可以从ENA以FASTQ格式获取数据。 SAMN02192806 - [here](https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMN02192806“SAMN02192806”) 4.2. data_2
今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学数学与统计学院Yingxin Lin等人在《bioRxiv预印本》上发表了一篇名为“scJoint: transfer learning for data integration of single-cell RNA-seq and ATAC-seq”的文章。文中提出了一种整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的异构集合的转移学习方法(scJoint)。scJoint使用一个神经网...