fastqc raw/${i}.sra* -o qc/ &donewaitcd qc multiqc-n"raww_qc"-s ../qc/cd ..foriin`catacc_list.txt`;dotrim_galore --phred33 -q25--length35--stringency4-e0.1-- 所需附加代码 #02_plotInsertSize.R #ly20211217 ### cmd=commandArgs(trailingOnly=TRUE); input=cmd[1]; output=cmd...
更新后的代码: # 生成 mkDup.sh# REMOVE_DUPLICATES=false: mark duplicate reads, not remove.# Change it to true to remove duplicate reads.cat ../data/cleandata/ID | while read iddo echo "java -XX:ParallelGCThreads=30 -Xmx50g -D...
mcols(allPeaksSet_nR) <- overlapMatrix 代码语言:text AI代码解释 allPeaksSet_nR[1:2, ] allPeaksSet_nR 我们在测试之前过滤掉黑名单和 ChrM 中的峰值,以消除潜在的伪差调用。 代码语言:text AI代码解释 blklist <- import.bed("data/ENCFF547MET.bed.gz") nrToCount <- allPeaksSet_nR[!allPeaks...
atacReads[1, ] atacReads 代码语言:text AI代码解释 atacFragments <- granges(atacReads) atacFragments[1, ] atacFragments 我们可以使用 duplicated() 函数来识别我们的全长片段的非冗余(非重复)部分。 代码语言:text AI代码解释 duplicatedFragments <- sum(duplicated(atacFragments)) totalFragments <- length...
TCGA数据库ATAC-seq挖掘代码分享 --生信自学网光俊 首先,我们从TCGA官网下载ATAC-seq数据,下载界面如下。我们可以选择红色部分,可以下载raw count,也可以下载normalize count。下载了数据的话,我们就可以得到每个肿瘤的ATAC数据矩阵。 1.1. 下载好后,我们就可以画覆盖度图了,使用的包是karyoploteR,需要详细介绍,大家...
提交脚本的代码是: conda activate atac nohup bash aligh.sh1>log2>&1& 全部运行完毕后输出非常多文件。 首先看bam文件,如下: 1.1G 10月 11 15:49 SRR12303173.last.bam 1.8G 10月 10 23:01 SRR12303173.raw.bam 1.3G 10月 11 15:48 SRR12303173.rmdup.bam ...
1、理解并模仿rename.py代码文件。 现在先通过分析rename.py的,来看看这个python代码是如何批量对文件进行命名的(代码的积累就是这样的一点点的复现模仿学习的过程)。 (1)首先是import模块。 在这些模块中,我比较熟悉的是sys和optparse。sys如果我猜的没错是获取系统参数,如本地路径的一个模块;而optparse是获取用户...
AI代码解释 Rinstall.packages("caTools",lib="~/R/library") 运行phantompeakqualtools 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 mkdir-p logs qualforbaminbam_dir/sample1.final.bam bam_dir/sample2.final.bamdobam2=`basename $bam .final.bam`Rscript run_spp_nodups.R-c=$bam-savp-ou...
代码里面提到的软件,都是根据我们对ATAC-seq搜索学习总结的。 值得一提的是自己为了ATAC-seq建立的软件环境可以很方便移植到另外一台电脑! 首先通过activate target_env要分享的环境target_env,然后输入下面的命令会在当前工作目录下生成一个environment.yml文件,conda env export > environment.yml小伙伴拿到environment....
代码语言:text AI代码解释 plotRegion(nucFree) nucFree 我们可以通过将 minFragmentLength 和 maxFragmentLength 参数调整为核小体长度片段的预期参数(此处为 180 到 240)来为我们的单核小体信号创建一个图。 代码语言:text AI代码解释 monoNuc <- regionPlot(bamFile = sortedBAM, testRanges = tssLocations, ...