ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。 ATAC-Seq 实验原理 在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质...
与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来，ATAC-seq操作简单，重复性好，实验只需要很少的起始细胞/组织量（＜50000个细胞），信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不需要有明确的转录因子或组蛋白修饰位点等。ATAC-seq在研究植物生长发育、组织分化和环境响应方面有着广泛的应用前景...
需求的细胞量从 500 到 50,000,相比于其他实验动辄 10^7 个细胞的样本需求量,ATAC-seq 对细胞量少的实验显得非常友好,也大大拓展了其应用场景。 图3. 相比其他技术,ATAC-seq 所需细胞更少且耗时短 (2)实验时间更短 相比3、4 天才能做完的 MNase-seq、FAIRE-seq 而言,ATAC-seq 文库构建简单快速。以检测...
1、样本需求量大大减少 需求的细胞量从500到 50,000,相比于其他实验动辄10^7个细胞的样本需求量,ATAC-seq对细胞量少这种情况非常友好。 2、测序深度降低 相比于MNase-seq,ATAC-seq的测序量降低了几十倍不止,而关键是,信号居然还那么好 3、一次性获得全基因组上的染色质开放区域获得了开放区域能干啥,预测上面...
ATAC-seq技术 2013年,美国斯坦福大学Howard Y. Chang研究团队开发了用于研究染色质可及性的方法ATAC-seq,其原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。ATAC-seq由于所需细胞量少,实验简单,可在全基因组范围内检测染色质可及性,已成为相关研究的首选技术方法。
然而,在更科学的背景下,非特异性DNA切割是对所需转录因子测定的干扰,在这些背景下,需要结合已知的开放染色质数据来消除这些干扰。通常不建议使用过于复杂的数据,因为结合其他数据以消除背景通常会带来批量效应。 单细胞CHIP-seq 与批量CHIP-seq不能检测单个细胞的染色质特征不同,单细胞ChIP-seq(scChIP-seq)有助于...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
所需输入材料少（> 10,000 个细胞）实验所需时间短（约 4 小时）ATACseq 2. 酶 下面介绍几种不同...
(1)所需的生物样本量小:ATAC-seq只需50000个细胞;而MNase-seq或DNase-seq建库所需生物样本量为1000倍以上。 (2)快速:整个建库操作流程不到3小时。 4. ATAC-seq的样本准备与实验流程 4.1 样本要求 (1)制备至少含有1×105个细胞的细胞沉淀(推荐2.0×106个细胞),并在样品表上注明总细胞数量。
最近,单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)已被报道,依赖的方法有流式细胞分选(FACS)、微流体、基于纳米孔等不同类型[33,34,35]。scATAC-seq可以在多种情况下(包括临床标本和发育生物学等)被应用于单细胞分辨率水平研究异质性的细胞群[23,29]。 尽管ATAC-seq简单且鲁棒,但它存在一个主要的障碍——专门为ATAC-seq数据...