一般区域不固定,关注于定性。例如ChIP-seq、ATAC-seq、Cut&tag等比对后获得的富集峰。一般以bed格式存储,第一列是染色体,第二列是富集峰起始坐标,第三列是富集峰终止坐标(图1)。eccDNA,m6A,MeDIP等归于此类。 图1. 表达类(区域固定) vs 富集峰类(区域不固定) 什么是富集峰注释? 基于抗体富集的原理,众多rea...
和肿瘤细胞中均普遍存在.eccDNA可携带基因结构并具有高染色质可及性.eccDNA与肿瘤发生发展有密切关系,其参与原癌基因扩增,并促进肿瘤异质性,耐药性等过程.eccDNA的鉴定主要通过生化实验纯化,或者从基因组测序数据中发现.ATAC-seq 是一种测定染色质开放区信息的高通量技术,其数据中包含eccDNA的信息,可以用来鉴定eccDNA....
2337 0 42:35 App 超微量( 1μg RNA)MeRIP-seq-技术解析 30.1万 2117 26:44 App 被世界上蜇人最疼的昆虫集群攻击!!最后的探险,逃离拉美无人区!| 斯洛勇闯中美洲!新格拉纳达的救赎 ·完 730 0 38:08 App 上海嘉因生物-新宠儿-eccDNA研究策略详解 7942 17 01:13:19 App CUT&Tag生信分析详解 983 4 ...
1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 图3. 注释页面 2,...
(DRIPc-sequencing) eccDNA Sequencing RNA Modification Seq - m6A,m5C,m1A,ac4C,m7G & Ψ MeDIP-Seq/hMeDIP-seq ChIP-Sequencing RNA Sequencing Small RNA NGS Solutions tRNA Sequencing tRF & tiRNA Sequencing (tsRNAs) miRNA Sequencing Mass Spectrometry (LC-MS) LC-MS Based tRNA Modification Analysis ...
+3 分享回复赞 生物吧 冰冰糖丫丫吖 高通量测序帖欢迎来聊聊ATAC-seq.ChIP-seq/CUT&Tag,m6A,eccDNA-seq,10x单细胞转录组和单细胞ATAC,华大单细胞,空转,DNA甲基化,RNA-seq,hic啊 #高通量测序##基因##染色质开放##单细胞##甲基化##上海嘉因# 221 基因组学吧 GY峰alx 机器学习多组学数据分析;单细胞空间组...
一般区域不固定,关注于定性。例如ChIP-seq、ATAC-seq、Cut&tag等比对后获得的富集峰。一般以bed格式存储,第一列是染色体,第二列是富集峰起始坐标,第三列是富集峰终止坐标(图1)。eccDNA,m6A,MeDIP等归于此类。 图1. 表达类(区域固定) vs 富集峰类(区域不固定) ...
一般区域不固定,关注于定性。例如ChIP-seq、ATAC-seq、Cut&tag等比对后获得的富集峰。一般以bed格式存储,第一列是染色体,第二列是富集峰起始坐标,第三列是富集峰终止坐标(图1)。eccDNA,m6A,MeDIP等归于此类。 图1. 表达类(区域固定) vs 富集峰类(区域不固定) ...
1、ATAC-seq研究目的Assays for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencingATAC-seq与ChIP-seq都是表观转录组学的重要组成部分; image from wiki 如其全称,ATAC-seq是探索染色体可及性(chromatin accessibility),即染色体的开放状态(open chromatin)。