染色体外环状DNA(Extrachromosomal circular DNA, eccDNA)是指存在于常规染色体DNA外的双链环状DNA分子。环状DNA广泛存在于真核生物中,在人的正常组织、癌症组织和体液中均有发现。根据长度大小,可以将环状DNA分为两大类[1],长度较小(<10kb)的eccDNA与较大的ecDNA(长度≥10kb)。
为了开发scCircle-seq,研究团队在Circle-Seq流程的基础上引入了一个额外的DNA缺口修复步骤,以提高eccDNA的检测效率,并设计了一个通用的工作流程,适用于通过多孔板或单管分选的活细胞、固定细胞以及细胞核。为了解析scCircle-seq数据,研究团队改编了先前用于分析大规模Circle-Seq数据的生物信息学流程:该流程首先识别具有高...
eccDNA可以携带完整的基因,尤其是肿瘤中经常携带致癌的驱动基因,不受控制的表达这些基因,导致肿瘤的恶性增长。二、关于Circle-seqCircle-Seq又称为环状DNA测序,是eccDNA检测利器, 是基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术,将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增三大步骤进行eccDNA的富集,结合高通量测序获取eccDN...
内含子的和内含子加外显子来源的 eccDNA)当中,eccDNA 5′ 起始位点和3′ 终止位点两侧的序列具有相似的特征:Sequence I 和 III 之间存在重复特征(记为“direct repeat 1”),Sequence II 和 IV 之间也存在重复特征(记为“direct repeat 2”)
通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。
作者采用Circle-seq在基因组水平鉴定HCC的eccDNA,并对其长度分布、基因组成、染色体来源、断点位置等重要特征进行了全貌分析。结果显示共鉴定出238781个eccDNA,进一步分析发现,HCC肿瘤组织样本中的eccDNA数目及其染色体上的密度显著高于非肿瘤样本,癌基因在HCC eccDNA上富集,并且HCC eccDNA上含有更高比例的顺式调控元件,尤其...
微生信ChIP-seq、m6A-seq富集峰和eccDNA染色体分布微生信 发布于:上海市 2023.03.20 19:34 +1 首赞 收藏 介绍了如何将ChIP-seq、MeRIP-seq等富集峰及eccDNA形象地展示在染色体上,在染色体水平查看peak的分布和规律,操作步骤和注意事项。 推荐视频 已经到底了 热门视频 已经到底了 ...
家蚕丝腺细胞中发现了染色体外环状 DNA（eccDNA），研究团队通过圈状 DNA 序列分析（circle-seq）检测到 35346 种 eccDNA。eccDNA 的大小范围从 30 bp 到 13569549 bp，绝大多数集中在 50 bp 到 1000 bp 之间，分布于所有染色体，第 11 号染色体的 eccDNA 数量最多。eccDNA 的产生与染色体区域相关，...
云序用户通过circleseq在家蚕中发现了具有重要功能的eccDNA，具体成果如下：首次在家蚕中发现并测序eccDNA：研究团队与云序生物合作，对家蚕丝腺组织来源的eccDNA进行了全面的测序研究，共检测到35346种eccDNA。eccDNA的特征分析：eccDNA的大小范围从30bp到13569549bp不等，但主要集中在50bp到1000bp的范围内。
Methods: Circle-seq was used to detect eccDNAs in the blood samples. Full transcript sequencing was used to analyze the RNA in the samples. Geno Ontology enrichment and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome pathway analyses were performed on differentially expressed eccDN...