为了开发scCircle-seq,研究团队在Circle-Seq流程的基础上引入了一个额外的DNA缺口修复步骤,以提高eccDNA的检测效率,并设计了一个通用的工作流程,适用于通过多孔板或单管分选的活细胞、固定细胞以及细胞核。为了解析scCircle-seq数据,研究团队改编了先前用于分析大规模Circle-Seq数据的生物信息学流程:该流程首先识别具有高...
为了开发scCircle-seq,研究团队在Circle-Seq流程的基础上引入了一个额外的DNA缺口修复步骤,以提高eccDNA的检测效率,并设计了一个通用的工作流程,适用于通过多孔板或单管分选的活细胞、固定细胞以及细胞核。为了解析scCircle-seq数据,研究团队改编了先前用于分析大规模Circle-Seq数据的生物信息学流程:该流程首先识别具有高...
优势一:全面的eccDNA/ecDNA实验路线——Circle-seq/WGS : 4种实验路线+2种测序模式。 优势二:1000+样本经验,80+种样本类型实践。 优势三:线性DNA marker检测保证Circle-seq实验品质(适用于人的非cfDNA样本)。 优势四:专业全面的eccDNA/ecDNA生物信息学分析。 4.1 eccDNA和ecDNA的生物信息学鉴定原理:主流生物信息学...
内含子的和内含子加外显子来源的 eccDNA)当中,eccDNA 5′ 起始位点和3′ 终止位点两侧的序列具有相似的特征:Sequence I 和 III 之间存在重复特征(记为“direct repeat 1”),Sequence II 和 IV 之间也存在重复特征(记为“direct repeat 2”)
染色体外环状DNA(eccDNA)是一类游离于染色体外的环状DNA,广泛存在于包括人类的各种真核生物中,参与调控基因的表达、细胞增殖、DNA损伤修复、肿瘤发生等多个生物学过程;其不易被核酸酶降解,结构更加稳定。目前,研究eccDNA主要方法有DNA荧光原位杂交(FISH)、批量全基因组测序(WGS)和Circle-Seq三种。前两种方法只能检测来自...
eccDNA可以携带完整的基因,尤其是肿瘤中经常携带致癌的驱动基因,不受控制的表达这些基因,导致肿瘤的恶性增长。二、关于Circle-seqCircle-Seq又称为环状DNA测序,是eccDNA检测利器, 是基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术,将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增三大步骤进行eccDNA的富集,结合高通量测序获取eccDN...
如完整基因和部分基因。eccDNA的功能评估：通过体外合成和体内转染eccDNAfibL，证明了它能促进fibL在RNA和蛋白质水平的表达，显示了eccDNA具有促进特定基因表达的功能。综上，云序用户通过circleseq在家蚕中发现的eccDNA不仅丰富了我们对家蚕基因组的了解，还为eccDNA的功能研究提供了新的思路和方法。
近期ecDNA和eccDNA相关研究成果,连续发表在Nature、Cell、Nature Genetics和PNAS等杂志上,对环状DNA的研究迅速成为相关领域研究热点,达澈生物紧跟技术发展前沿,独家首发Circle-Seq测试数据! 下面就跟着小编一起揭开环状DNA的神秘面纱吧~ Circle-Seq的技术原理是,首先富集得到样品中的DNA,随后利用外切酶去除线性基因组DNA,得到...
目前研究eccDNA强有力的方式之一是Circle-seq技术,基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术,根据线性DNA和环状DNA结构和化学性质的差异性,将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增,三大步骤进行eccDNA的富集,结合高通量测序获取eccDNA的序列信息(Moller, Parsons et al. 2015)。ꄴ...
家蚕丝腺细胞中发现了染色体外环状 DNA（eccDNA），研究团队通过圈状 DNA 序列分析（circle-seq）检测到 35346 种 eccDNA。eccDNA 的大小范围从 30 bp 到 13569549 bp，绝大多数集中在 50 bp 到 1000 bp 之间，分布于所有染色体，第 11 号染色体的 eccDNA 数量最多。eccDNA 的产生与染色体区域相关，...