为了开发scCircle-seq,研究团队在Circle-Seq流程的基础上引入了一个额外的DNA缺口修复步骤,以提高eccDNA的检测效率,并设计了一个通用的工作流程,适用于通过多孔板或单管分选的活细胞、固定细胞以及细胞核。为了解析scCircle-seq数据,研究团队改编了先前用于分析大规模Circle-Seq数据的生物信息学流程:该流程首先识别具有高...
下面是Circle-seq测序的原理步骤: DNA环形化:首先,通过PCR扩增或酶切将待测序的DNA片段转化为环状DNA。这可以通过连接两个末端序列的引物或使用限制性内切酶切割并连接两个末端来实现。 DNA扩增:环状DNA被扩增成线性DNA。这一步可以利用常规PCR方法进行。 DNA环形化再生:再次通过连接两个末端序列的引物或使用限制性...
▍嘉因生物eccDNA/ecDNA服务优势 优势一:全面的eccDNA/ecDNA实验路线——Circle-seq/WGS : 4种实验路线+2种测序模式。 优势二:1000+样本经验,80+种样本类型实践。 优势三:线性DNA marker检测保证Circle-seq实验品质(适用于人的非cfDNA样本)。 优势四:专业全面的eccDNA/ecDNA生物信息学分析。 4.1 eccDNA和ecDNA的生...
为了开发scCircle-seq,研究团队在Circle-Seq流程的基础上引入了一个额外的DNA缺口修复步骤,以提高eccDNA的检测效率,并设计了一个通用的工作流程,适用于通过多孔板或单管分选的活细胞、固定细胞以及细胞核。为了解析scCircle-seq数据,研究团队改编了先前用于分析大规模Circle-Seq数据的生物信息学流程:该流程首先识别具有高...
Circle-Seq的技术原理是,首先富集得到样品中的DNA,随后利用外切酶去除线性基因组DNA,得到Circular DNA,对Circular DNA循环扩增后进行超声打断、建库测序及测序数据的分析。 了解了Circle-Seq的技术原理,下面再来看下达澈生物测试数据的结果吧~ Circular DNA富集质检 ...
为了开发scCircle-seq,研究团队在Circle-Seq流程的基础上引入了一个额外的DNA缺口修复步骤,以提高eccDNA的检测效率,并设计了一个通用的工作流程,适用于通过多孔板或单管分选的活细胞、固定细胞以及细胞核。为了解析scCircle-seq数据,研究团队改编了先前用于分析大规模Circle-Seq数据的生物信息学流程:该流程首先识别具有高...
根据Circle-seq测序结果,与HGSOC的原发组织相比,在转移组织中筛选出464个差异表达的eccDNAs,筛选阈值为|FC|≥2和P<0.05(图3A)。为了证实eccDNAs的存在,作者采用扫描电镜显微镜(SEM)和透射电子显微镜(TEM)观察了HGSOC样本以及SKOV3、A2780和OVCAR3卵巢*细胞系中的eccDNAs。可视化清楚地显示了HGSOC组织和三种卵巢*...
作者进行了家蚕丝腺组织来源 eccDNA 的测序(circle-seq),共计检测到了 35346 种 eccDNA。它们的大小从 30 bp 到 13569549 bp 不等,但绝大多数 eccDNA (占比 94.25%)都集中分布在 50 bp 到 1000 bp 的范围之内。eccDNA 广泛来源于每一条染色体,惟第 11 号染色体的 eccDNA 数目最多,而第 2 号染色体产生...
目前研究eccDNA强有力的方式之一是Circle-seq技术,基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术,根据线性DNA和环状DNA结构和化学性质的差异性,将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增,三大步骤进行eccDNA的富集,结合高通量测序获取eccDNA的序列信息(Moller, Parsons et al. 2015)。ꄴ...
二、关于Circle-seqCircle-Seq又称为环状DNA测序,是eccDNA检测利器, 是基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术,将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增三大步骤进行eccDNA的富集,结合高通量测序获取eccDNA的序列信息的技术。 Circle-Seq可以高通量地对各种物种样本当中检测样品中的所有eccDNA,具有检出率高﹑准确...