结构可能在ssDNA的转录调控中发挥着重要的作用.将A3A-ssDNA-seq的数据同已报道的基于ssDNA免疫沉淀测序方法的KAS-seq数据进行比较,结果表明,二者得到的ssDNA在富集区域上表现出显著的信号共定位.综上所述,本研究发展的A3A-ssDNA-seq生物信息学分析方法能够用于精确定位细胞中的ssDNA,并为其后续的ssDNA功能学探索提供...
比较主要集中在两个方面:双链DNA(dsDNA)突变检测和单链DNA(ssDNA)事件(如错配和损伤)的检测。在双链DNA(dsDNA)突变检测方面,HiDEF-seq能够达到非常高的保真度,低于每10亿个碱基1个错误(10-9),且能够测量到预期的双链DNA突变特征以及随着年龄增长线性增加的突变负担。在检测双链DNA突变在这一指标上,NanoSeq与...
结构可能在ssDNA的转录调控中发挥着重要的作用.将A3A-ssDNA-seq的数据同已报道的基于ssDNA免疫沉淀测序方法的KAS-seq数据进行比较,结果表明,二者得到的ssDNA在富集区域上表现出显著的信号共定位.综上所述,本研究发展的A3A-ssDNA-seq生物信息学分析方法能够用于精确定位细胞中的ssDNA,并为其后续的ssDNA功能学探索提供...
17.69 Species Arabidopsis thaliana PMID 38168108 A repressive H3K36me2 reader mediates Polycomb silencing - PMC Journal Nature communications Published 2024 Application NGS IF 16.6 Species Other PMID 39179589 Publishing research using RK20228? Pleaselet us knowso that we can cite the reference in this...
低输入量细胞和小鼠肝脏的KAS-seq检测结果。来源: Nature Methods 此外,KAS-seq利用1000个细胞产生的数据与使用大量细胞产生的数据相似,可用于低起始量细胞或冷冻动物组织中的ssDNA检测,甚至有可能用于活体动物上。 总而言之,KAS-seq可以定义一组增强子,其为单链,并具有独特的序列基序。该方法具有简单、低起始量、高...
Bisulfite Genomic Sequencing (BSP-Seq) - Methylation Identification for ssDNA and dsDNA One of the major mechanisms of epigenetic modification isDNA methylation. It has a substantial influence on gene expression which directly affects cellular activity. It is an epigenetic event in modulatin...
In a first step of DNA double-strand break (DSB) repair by homologous recombination, DNA ends are resected such that single-stranded DNA (ssDNA) overhangs are generated. ssDNA is specifically bound by RPA and other factors, which constitutes a ssDNA-domain on damaged chromatin. The molecular or...
在单链DNA(ssDNA)检测方面,HiDEF-seq在检测单链DNA事件时,平均负载比NanoSeq低18倍,考虑C>T调换时则低5倍。而在NanoSeq虽然在双链DNA突变检测方面表现出色,但在单链DNA事件检测方面可能存在较高的人工产物。这些结果表明,HiDEF-seq和NanoSeq在双链DNA突变检测方面的表现相似,均能准确地检测并量化双链DNA突变。
在单链DNA(ssDNA)检测方面,HiDEF-seq在检测单链DNA事件时,平均负载比NanoSeq低18倍,考虑C>T调换时则低5倍。而在NanoSeq虽然在双链DNA突变检测方面表现出色,但在单链DNA事件检测方面可能存在较高的人工产物。这些结果表明,HiDEF-seq和NanoSeq在双链DNA突变检测方面的表现相似,均能准确地检测并量化双链DNA突变。