染色体外环状DNA(Extrachromosomal circular DNA, eccDNA)是指存在于常规染色体DNA外的双链环状DNA分子。环状DNA广泛存在于真核生物中,在人的正常组织、癌症组织和体液中均有发现。根据长度大小,可以将环状DNA分为两大类[1],长度较小(<10kb)的eccDNA与较大的ecDNA(长度≥10kb)。 eccDNA往往包含一些调控功能元件,例如...
作者对新诊断的T2DM患者和正常对照( normal control,NC )受试者的血清eccDNA进行了环状DNA测序(eccDNA-seq),在新诊断的T2DM患者中发现一种新型eccDNASORBS1circle的表达水平显著上调,并与胰岛素抵抗相关。同时作者在高糖高脂( HG / PA )诱导的肝细胞( HepG2细胞)胰岛素抵抗模型中,发现细胞内eccDNA SORBS1circle表达...
进一步,研究团队探讨了细胞中的eccDNA序列是否呈随机分布,或者是否能够利用scCircle-seq识别不同细胞类型的eccDNA特征(见图3)。首先,研究团队将scCircle-seq检测到的CPRs基因组分布表示为一个“cells × bins”矩阵,其中“cells”表示通过scCircle-seq分析的单个细胞数量,“bins”则是定义好的长度的连续基因组窗口。接...
eccDNA测序服务 云序生物eccDNA测序服务(别称:Circle-seq﹑环状DNA测序),采用多种方法高 效地富集和扩增eccDNA,极大地提高了eccDNA的检出率。富集后,通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的eccDNA分子。并通过严谨的eccDNA生信流程,实现了对eccDNA准确的识别和详细的基因注释。 云序生物eccDNA测序流程示意图 云序eccDNA测序优...
在没有NGS的时候,eccDNA主要的检测方法主要是通过Fish来进行检测。有了NGS之后,基于全基因组的测序(whole genome sequence, WGS)可以检测eccDNA。除了传统的WGS,Circle-Seq也是一种专门检测eccDNA的测序方法。另外,由于二代测序短读长的限制性,三代测序的长度长可以更可靠地识别含有重复和嵌合的 eccDNA。
二、关于Circle-seqCircle-Seq又称为环状DNA测序,是eccDNA检测利器, 是基于质粒提取、酶切消化和高通量测序技术,将裂解细胞通过柱纯化、去除线性DNA、滚环式扩增三大步骤进行eccDNA的富集,结合高通量测序获取eccDNA的序列信息的技术。 Circle-Seq可以高通量地对各种物种样本当中检测样品中的所有eccDNA,具有检出率高﹑准确...
2024年10月16日,绍兴市人民医院张宝刚团队在Cell Reports在线发表题为“Genome-wide characterization of extrachromosomal circular DNA in breast cancer and its potential role in carcinogenesis and cancer progression”的研究论文,该研究使用C...
云序生物基于circle-seq的方法,采用多种手段包括柱纯化去除基因组DNA、酶消化去除线性DNA和线粒体DNA、滚环扩增放大信号,高效地纯化和富集环状DNA,再利用NGS测序和生信分析识别环状DNA。结合优化的实验流程,本环状DNA测序服务具有检出率高﹑准确性好等优点。
在本研究中,作者首先利用来自相同样本的circle-Seq和RNA测序数据确定了GBM和邻近组织的eccDNA图谱。根据在mRNA水平上表现出一致的上调和下调趋势的 eccDNA 携带基因,建立了一个三阶段模型。为了提高三阶段模型的性能和稳健性,研究人员结合使用了机器学习算法和堆叠集合模型 在第一阶段,共构建了113种机器学习算法组合,并...
其次,现有的eccDNA检测方法,如Circle-Seq,虽然能够有效检测eccDNA,但在准确量化eccDNA丰度方面仍存在不足。此外,长读长测序技术虽然能够提供更全面的eccDNA结构信息,但其高错误率和冗余性限制了其在单细胞水平上的应用。最后,尽管羟基脲(HU)等药物能够消除携带癌基因的ecDNA,但如何特异性靶向和消除ecDNA仍是一个未解决...