EM-seq测序通过将酶学转化法甲基化文库制备和靶向甲基化捕获系统相结合，共检测人基因组上123 Mb区域内的398万个CpG位点的甲基化状态。是癌症转移、人类发育和功能基因组学等各种应用中探索甲基化水平的理想选择。该方法覆盖范围广、检测灵敏度高，且降低了测序成本，适合进行大队列样本研究，尤其适用于cfDNA样本的甲基...
All the bioinformatics processing and analysis for plasma and saliva cfDNA used in W Lab. Created by Irene Choi. Install all the required packages, softwares, and tools! NOTE: You only need to do this once. Hoffman2 has most dependencies already preinstalled. Follow the steps below to install...
在往期微信中,我们深入探讨了EM-seq技术在液体活检领域的突破性进展(追溯癌症:cfDNA检测技术革新!),揭示了它在早期疾病诊断和治疗监测中的巨大潜力。然而EM-seq的应用远不止于此,它在多个研究领域都展现出了巨大潜力。 本期,跟随小编的脚步一起来看看前沿技术EM-seq在基因组DNA上的应用吧,让我们一起开启全新的研究...
这种测试方法称为游离甲基化DNA免疫沉淀高通量测序(cell-freemethylatedDNAimmunoprecipitationandhigh-throughputsequencing,cfMeDIP–seq),用于在不使用亚硫酸盐的情形下对血浆cfDNA进行全基因组甲基化分析。相关研究结果于2018年11月14日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Sensitivetumourdetectionandclassificationusingplasmacel...
全基因组高覆盖度的cfDNA-seq数据的临床应用成本较为高昂,通过预测Panel区域的染色质开放性代替全基因组的识别工作,可以降低临床应用的成本.在OCRDetector的基础上,本文针对Panel区域cfDNA-seq数据的特点,定义了针对Panel区域染色质开放性的多分类问题,提出一种基于机器学习的Panel区域染色质开放性识别算法OCRDetector ...
cfDNA片段化谱推断基因表达水平(EPIC-seq技术) 测序深度的增加提高了cfDNA推断基因表达水平的准确性,因此作者开发了一种基于cfDNA的TSS侧翼区域的定向深度测序与机器学习相结合的EPIC-seq技术,可以精准预测基因表达水平。为了验证这一概念,研究人员分别将EPIC-seq技术应用于实体肿瘤的非侵入式组织学分型和血液肿瘤的分子...
综上所述,这些结果表明 cfDNA 甲基化具有作为冠脉侧支循环等心血管疾病的预测工具的效用。 云序EM-seq样品要求 1)样品类型:患者的血浆、血清或 cfDNA。 血浆和血清相比较而言,推荐使用血浆,以减少淋巴细胞来源的 cfDNA 干扰。 2)样品量:血浆>5mL;血清>10mL;cfDNA>10 ng。
Here we present data from an improved library preparation method that uses a wide cfDNA input range to generate high diversity libraries with broad GC-coverage, excellent ability to detect rare alleles, and other features advantageous for research applications on Illumina ? NGS platforms.Fang Sun...
(Housheng Hansen He)教授团队等合作在Nature子刊《nature communications》发表题为“The cell-free DNA methylome captures distinctions between localized and metastatic prostate tumors”的科研成果,研究利用cfMeDIP-seq技术分析了60个原发和175个转移性前列腺癌样本的细胞游离DNA(cfDNA)甲基化组,全基因组甲基化组高效...
该研究证明了细胞游离DNA(cfDNA)甲基化模型可以精准地在肝硬化或慢性乙肝感染者的高危人群中筛查出早期肝癌患者。本研究为无创细胞游离DNA(cfDNA)甲基化检测在未来大规模肝癌早检的应用奠定了基础,再一次证明cfDNA甲基化癌症早检技术ELSA-seq...