cfDNA的释放与染色质可及性和片段化增加有关 最后,研究团队使用ATAC-seq和RNA-seq分别分析了HCT116 DKO细胞与其亲代细胞(HCT116 WT)的染色质可及性及基因差异表达情况。结果显示,DKO细胞中有10551个染色质可及性增加事件,且可观察到全基因组的染色质可及性重构;相比之下,WT细胞中仅有4470个区域的可及性(图5A...
m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-283...
m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-283...
实验设计: 为了表征LUAD转化型(t)SCLC(小细胞肺癌转化)和de novo SCLC的表观基因组特征,研究人员对26个肺癌患者来源的异种移植(PDX)肿瘤进行以下分析: 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析H3K27ac、H3K4me3和H3K27me3组蛋白修饰; 甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-seq); 转座酶可及性染色质测序(ATAC-seq); RNA测...
EGFRm tSCLC、EGFRm LUAD和de novo SCLC PDX的代表性表观基因组数据,显示在tSCLC中谱系定义基因的活性基因转录标记(ATAC-seq、H3K27ac ChIP-seq、H3K4me3 ChIP-seq、基因体DNA甲基化)的信号增强,以及抑制性标记(H3K27me3 ChIP-seq)的信号丢失。每条轨迹描绘了指定样本中指定表观遗传标记的信号强度。
最后,研究团队使用ATAC-seq和RNA-seq分别分析了HCT116 DKO细胞与其亲代细胞(HCT116 WT)的染色质可及性及基因差异表达情况。结果显示,DKO细胞中有10551个染色质可及性增加事件,且可观察到全基因组的染色质可及性重构;相比之下,WT细胞中仅有4470个区域的可及性(图 5A)。RNA-seq分析揭示在等基因对之间共有4455...
易基因提供全面的表观基因组学(DNA甲基化、DNA羟甲基化)和表观转录组学(m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C)、染色质结构与功能组学技术方案(ChIP-seq、ATAC-seq),详询易基因:0755-28317900。 参考文献: Li JJN, Liu G, Lok BH. Cell-Free DNA Hydroxymethylation in Cancer: Current and Emerging Detection Methods ...
转座酶可及性染色质测序(ATAC-seq); RNA测序(RNA-seq)。 从EGFR突变型LUAD患者(有或没有tSCLC)的1ml血浆中生成并分析了H3K27ac ChIP-seq、MeDIP-seq和全基因组测序cfDNA数据。 研究结果: 对来自肺癌PDX的126个表观基因组分析结果表明,LUAD和tSCLC之间存在广泛的表观基因组重编程,两者之间存在大量的显著差...
该团队通过ATAC-seq实验表明,与血细胞相比,胎盘细胞中的转座酶更容易切割核心颗粒,并表明这种可及性的分子基础仍不清楚,猜测DNA甲基化可能是一个促成因素。 既往研究表明,DNA甲基化可以诱导DNA在伴随的组蛋白周围更紧密地包裹,并增加核小体的实压、刚性和稳定性。此外,DNA甲基化还可以调节组蛋白修饰以及异染色质...