DNase-seq: 限制性内切酶DNaseI,对样品进行片段化处理,切割开放区域的DNA。同时,在开放区域,缠绕在核小体上的DNA被核小体结构所保护,只有核小体间的DNA序列可以被DNaseI切割,这些位点也叫DHS。 MNase-seq: (MNase微球菌核酸酶):同时具有核酸外切酶和内切酶活性,优先对裸露的DNA或核小体之间起连接作用的DNA进行切...
ATAC-seq方法最初是作为微球菌核酸酶测序（MNase-seq）、甲醛辅助的调控元件分离（FAIRE-seq）和脱氧核糖核酸酶I测序（DNase-seq）的替代方法或补充开发出来的（表1）。对于MNase-seq和DNase-seq，当DNA和组蛋白的聚集减少时，未被保护的DNA暴露出来，这样就可以被DNA酶如MNase和DNase酶切割。通过对切割的DNA片段进...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域, ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 2. ChIP-seq 与ATAC-seq 的比较 峰形状的区别 Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的区...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。...
ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域, ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 检测染色质可及性的方法中,ATAC-seq尤其受欢迎。经过整理的ATAC-seq数据集和出版物呈指数增长。
要介绍ATAC-seq，不得不提到它的发展史。在染色质开放性研究领域，也是走了一段长长的路，这条路也是一条长江后浪推前浪的路。在这条开放性研究的道路，老前辈是DNase-seq，这项技术的开发主要是因为染色质区域有很多DNase I HS位点，但是DNase-seq依赖于DNaseI核酸酶的消化来识别核小体耗尽的开放染色质区域，...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
要介绍ATAC-seq,不得不提到它的发展史。在染色质开放性研究领域,也是走了一段长长的路,这也是一条长江后浪推前浪的路。 DNase-seq:这项技术属于开放染色质研究的老前辈,它的开发主要是因为染色质区域有很多DNase I HS位点,DNase-seq依赖于DNaseI核酸酶的消化来识别核小体耗尽的开放染色质区域,在那里所有类型的...
ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...