MNase-seq: (MNase微球菌核酸酶):同时具有核酸外切酶和内切酶活性,优先对裸露的DNA或核小体之间起连接作用的DNA进行切割消化,然后对DNA的两条链依次内切形成双链末端,并从末端向片段的中心位置逐个切下碱基对,直到遇到核小体或DNA结合蛋白等阻滞物。实验时染色质首先使用甲醛固定,再用过量MNase处理,获得单个核小体...
5、ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简便，而且只需要很少的细胞/组织量，同时测序信号更加好。6、单细胞测序技术是近几年研究的热点，通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以...
标准的MNase-seq主要用于对核小体片段(~147bp)的测序,限制了核小体之外非组蛋白在DNA结合位点的分析[3]。总的来说MNase-seq是一种优秀的检测全基因组核小体分布和评估转录因子结合的方法,可用于多种类型的细胞。然而,如果要在不同实验...
标准的MNase-seq主要用于对核小体片段(~147bp)的测序,限制了核小体之外非组蛋白在DNA结合位点的分析[3]。总的来说MNase-seq是一种优秀的检测全基因组核小体分布和评估转录因子结合的方法,可用于多种类型的细胞。然而,如果要在不同实验中得到较好的可重复性和可比性,MNase-seq需要大量的细胞,并需要严格的酶解...
MNase-Seq技术是在应用FAIRE-seq时有理有据的迭代更新【4】。ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究，Tn5转座酶的应用，大大简化了开放染色质研究的时间，从最初2-3天的实验周期，缩短到2-3小时【5】。图1.来源：Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍，我们看到，Tn5酶的出现，确实是改变了表观技术研究...
ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性的方法。与具有同种功能的DNase-Seq、MNase-seq和FAIRE-Seq相比起来，ATAC-seq操作简单，重复性好，实验只需要很少的起始细胞/组织量（＜50000个细胞），信号噪比高。与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
ATAC-seq技术及相关技术的发展 Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,...
MNase-Seq也是在ChIP-seq的基础上进行的发展,MNase酶的应用也是在ChIP技术中替代超声的步骤时使用的。MNase-Seq技术是在应用FAIRE-seq时有理有据的迭代更新【4】。 ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究,Tn5转座酶的应用,大大简化了开放染色质研究的时间,从最初2-3天的实验周期,缩短到2-3小时【5】。
ATAC-seq 技术的优势 所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短 满足动物、植物、人等样本的要求,具有很好的物种适应性 单细胞测序技术是近几年研究的热点,通过对单个细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的 ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq 等技术无法进行单细胞测序,而 ATAC-seq 经过实验验证,表...