ATAC-seq(利用转座酶性质): 转座子:染色体DNA上可自主复制和移位的基本单位。最简单的转座子不含有任何宿主基因称为插入序列(insertion sequence,IS),一个细菌细胞带有少于10个IS序列。DNA转座是由可移位因…
单细胞的MNase-seq还没有被开发出来,因此依然需要大量的细胞作为样本。 MNase 的切割同样具有偏好性,AT含量更高的区域更容易被切割。 3. ATAC-seq 前两种方法都需要限制性酶,他们的缺点是切割下来的片段都不是完整的开放染色质信息。 开放染色质具有转座酶敏感性,转座酶能够随机插入到不受保护的DNA序列上(类似DNas...
ATAC-seq技术及相关技术的发展 Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。 DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究开放染色质区域。 DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域,而ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAI...
除MNase-seq及其衍生技术以外,染色质免疫共沉淀测序技术(chromatin immunoprecipitation sequencing, ChIP-seq)、染色质开放性测序技术(assay for transposase-accessible chromatin with high throughput sequencing, ATAC-seq)、DNase I超敏感位点测序(DNase I hypersensitive site sequencing, DNase-seq)以及核小体占位及甲基...
以100,000个293细胞为样本进行CUT&RUN、CUT&Tag、ATAC和mRNA-seq多组学比较分析。IGV视图显示HD102在关键位点上的富集情况与ATAC和CUT&Tag技术一致,且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点,实验结果真实可靠。 BOX1:2 ~ 8 ℃保存,根据不同目的地调整运输方式; ...
ATAC-seqATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是2013年由美国的Stanford大学William Greenleaf开发的检测开放染色质的方法,主要依赖于Tn5转座酶对片段化DNA和整合入活化的调控区域的高敏感性。 ATAC反应原理图 转座子本质上是一段可移动的DNA片段,该片段在基因组中可不必借助于DNA同源...
4.**应用广**:适用于CUT&Tag技术、高通量测序建库、ATAC-seq等,特别适用于早期胚胎发育、干细胞、以及表观遗传学等研究领域。5.**操作简便**:pA-Tn5转座酶的使用简化了实验步骤,可以在一步反应中实现DNA片段化和接头连接,从细胞到二代测序文库的转化过程需9小时。6.**低细胞投入量**:CUT&Tag技术允许从低...