ATAC-seq的特点: 对样本数量的要求较低,单细胞ATAC-seq的方法也已经被开发出来,但存在假阴性。 能够完整地捕获整个开放区域的信息,但是测序结果不能和DNase-seq、MNase-seq的结果完全匹配。 建库的准备工作较为繁琐,试剂比较昂贵。 可以在ATAC-seq的基础上结合其他测序手段(如ChIP-seq或RNA-seq),进行多组学分析。
这是基于chip-seq或者atac-seq在感兴趣的特定基因组区域(比如转录因子结合位点),会产生reads的富集。将处在peak区域的正琏和负链的reads调整后,就能算出它们之间的Pearson correlation。一个好的chip-seq,在fragment size那里,会产生一个高的cross-correlation信号,表明测序数据在peaks的地方信号有着明显的富集,如下...