ATAC-seq(利用转座酶性质): 转座子:染色体DNA上可自主复制和移位的基本单位。最简单的转座子不含有任何宿主基因称为插入序列(insertion sequence,IS),一个细菌细胞带有少于10个IS序列。DNA转座是由可移位因…
ATAC-seq方法最初是作为微球菌核酸酶测序（MNase-seq）、甲醛辅助的调控元件分离（FAIRE-seq）和脱氧核糖核酸酶I测序（DNase-seq）的替代方法或补充开发出来的（表1）。对于MNase-seq和DNase-seq，当DNA和组蛋白的聚集减少时，未被保护的DNA暴露出来，这样就可以被DNA酶如MNase和DNase酶切割。通过对切割的DNA片段进...
单细胞的MNase-seq还没有被开发出来,因此依然需要大量的细胞作为样本。 MNase 的切割同样具有偏好性,AT含量更高的区域更容易被切割。 3. ATAC-seq 前两种方法都需要限制性酶,他们的缺点是切割下来的片段都不是完整的开放染色质信息。 开放染色质具有转座酶敏感性,转座酶能够随机插入到不受保护的DNA序列上(类似DNas...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
标准的MNase-seq主要用于对核小体片段(~147bp)的测序,限制了核小体之外非组蛋白在DNA结合位点的分析[3]。总的来说MNase-seq是一种优秀的检测全基因组核小体分布和评估转录因子结合的方法,可用于多种类型的细胞。然而,如果要在不同实验...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
MNase-Seq技术是在应用FAIRE-seq时有理有据的迭代更新【4】。ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究，Tn5转座酶的应用，大大简化了开放染色质研究的时间，从最初2-3天的实验周期，缩短到2-3小时【5】。图1.来源：Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍，我们看到，Tn5酶的出现，确实是改变了表观技术研究...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。 MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体定位的信号。 ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 3. Work ...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。 MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体定位的信号。 ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 3. Work ...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...