ATAC-seq(利用转座酶性质): 转座子:染色体DNA上可自主复制和移位的基本单位。最简单的转座子不含有任何宿主基因称为插入序列(insertion sequence,IS),一个细菌细胞带有少于10个IS序列。DNA转座是由可移位因…
单细胞的MNase-seq还没有被开发出来,因此依然需要大量的细胞作为样本。 MNase 的切割同样具有偏好性,AT含量更高的区域更容易被切割。 3. ATAC-seq 前两种方法都需要限制性酶,他们的缺点是切割下来的片段都不是完整的开放染色质信息。 开放染色质具有转座酶敏感性,转座酶能够随机插入到不受保护的DNA序列上(类似DNas...
具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,找到TF的潜在靶基因。通... 查看原文 小鼠植入前胚胎的可接近染色质图谱 开放染色质的allelic图谱TheUCSC browser view shows allelicATAC-seq...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。 DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究开放染色质区域。 DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域,而ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAI...
除MNase-seq及其衍生技术以外,染色质免疫共沉淀测序技术(chromatin immunoprecipitation sequencing, ChIP-seq)、染色质开放性测序技术(assay for transposase-accessible chromatin with high throughput sequencing, ATAC-seq)、DNase I超敏感位点测序(DNase I hypersensitive site sequencing, DNase-seq)以及核小体占位及甲基...
以100,000个293细胞为样本进行CUT&RUN、CUT&Tag、ATAC和mRNA-seq多组学比较分析。IGV视图显示HD102在关键位点上的富集情况与ATAC和CUT&Tag技术一致,且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点,实验结果真实可靠。 BOX1:2 ~ 8 ℃保存,根据不同目的地调整运输方式; ...
52023-09-21动物ATAC-seq数据的peak分类软件-2023SR1126883V1.0 1 2 3 4 5 6 > 该软件著作权人信息 上海京房 上海京房生物科技有限公司 成立日期:2016-02-06 法定代表人:郭子文 统一社会信用代码:91310112MA1GB5GA0E 天眼查著作权查询频道,数据来源于上海京房生物科技有限公司合法公开的著作权数据,仅供参考。
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性。 ChIP-seq、MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq技术概览 MNase-seq微球...
4.**应用广**:适用于CUT&Tag技术、高通量测序建库、ATAC-seq等,特别适用于早期胚胎发育、干细胞、以及表观遗传学等研究领域。5.**操作简便**:pA-Tn5转座酶的使用简化了实验步骤,可以在一步反应中实现DNA片段化和接头连接,从细胞到二代测序文库的转化过程需9小时。6.**低细胞投入量**:CUT&Tag技术允许从低...