ATAC-Seq可以解决什么问题? 1. 了解转录因子的调控差异 ATAC-seq研究染色质的可及性,即某个时间点同时进行转录的DNA区域。这部分区域的染色质DNA被打开,因此可以被DNA聚合酶、转录因子、转录调控因子所识别、调控。在实验设计上,可以比较DNA聚合酶、转录因子、转录调控因子在不同类型样本中的转录调控差异。这些转录的...
关于ATAC-Seq实验计数的认识:个人认为,ATAC-Seq相对先前的染色质状态检测技术来说,减少了实验步骤,节约了实验时间,更易于好操作,分析也可以套用ChIP-Seq的数据分析方法;它可以用来辅助其它实验结果说明问题,但要验证这一实验得到结果也需要其它实验进行验证。希望早日出现操作更加容易,准确性更高的染色质状态检验方法。
ATAC-seq研究染色质的可及性,即某个时间点同时进行转录的DNA区域。这部分区域的染色质DNA被打开,因此可以被DNA聚合酶、转录因子、转录调控因子所识别、调控。在实验设计上,可以比较DNA聚合酶、转录因子、转录调控因子在不同类型样本中的转录调控差异。这些转录的差异又可以为下游的蛋白调控提供信息。 例如:在某些疾病...
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing)是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。 ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。 ATAC-Seq 实验...
本文旨在通过ATAC-seq足迹分析,识别共定位转录因子,并对其进行分析和解读。 二、研究方法 1.实验设计 本实验选取了若干个基因组作为研究对象,通过ATAC-seq技术对基因组进行测序,获取转录因子在基因组中的足迹信息。 2.数据处理与分析 对ATAC-seq数据进行预处理,包括质量控制、比对、峰值识别等步骤。然后利用生物信息...
ATAC-Seq实验原理 ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合...
总之,ATAC-seq实验通常不需要像ChIP-seq那样的严格对照,因为Tn5转座酶的切割偏好对结果的影响可以忽略不计。不过,确保实验的一致性和质量仍然是重要的,可以通过其他方式(如重复实验)来验证结果的可靠性。 样本标准化 Spike-in DNA Spike-in DNA normalization 方法参考 ...
本文旨在通过ATAC-seq足迹分析,识别共定位转录因子,并对其进行分析和解读。二、研究方法1.实验设计本实验选取了若干个基因组作为研究对象,通过ATAC-seq技术对基因组进行测序,获取转录因子在基因组中的足迹信息。2.数据处理与分析对ATAC-seq数据进行预处理,包括质量控制、比对、峰值识别等步骤。然后利用生物信息学软件和...
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...