Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。MN...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
1.2 如何理解Chip-seq 1.2.1 组蛋白修饰 染色质由组蛋白和 DNA 组成。DNA 缠绕在八个核心组蛋白周围,形成基本的染色质单元,即核小体。核小体像珠串一样串连在一起,并被包装成高阶染色质结构(图 2)。 图2:染色质以及核小体的组成(https://baike.baidu.com/item) 事实上,每个组蛋白结构都会延伸出“尾巴...
ATAC-seq利用DNA转座酶(Tn5)切割开放的DNA区域并结合二代高通量测序技术来研究染色质开放性的技术。 ChIP-seq是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法。该技术广泛应用于组蛋白修饰、转录因子调控等相关领域的研究。 1. ATAC-seq与ChIP-seq异同 ATAC-Seq (Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-th...
ChIP-seq：直接检测与转录因子结合的DNA序列，但一次测序只能提供一个转录因子的信息，检出率相对较低。D...
1. ChIP-seqChIP-seq是结合染色质免疫沉淀和高通量测序的技术，用于检测特定DNA关联蛋白的位置。它通过抗体筛选目标蛋白与DNA的结合位点，涉及组蛋白修饰和转录因子调控。1.1 组蛋白修饰：组蛋白的N端尾部修饰（如甲基化、磷酸化、乙酰化等）影响染色质构型，从而影响基因表达。例如，H3K4me1与增强子区...
1、染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-Seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。
ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。 (3)比对后处理和质量控制: 比对后处理就是去除重复序列和细胞器序列。