Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的结...
ChIP-seq: 即染色质免疫共沉淀测序,是一种用于研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的技术。它将染色质免疫共沉淀(ChIP)与第二代测序技术相结合,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段。 其原理如下:首先通过甲醛交联整个细胞系(组织),使目标蛋白与染色质连结起来;然后分离基因组 DNA,并...
ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可...
1. ATAC-seq和ChIPseq原理介绍 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛…
ATAC-seq利用DNA转座酶(Tn5)切割开放的DNA区域并结合二代高通量测序技术来研究染色质开放性的技术。 ChIP-seq是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法。该技术广泛应用于组蛋白修饰、转录因子调控等相关领域的研究。 1. ATAC-seq与ChIP-seq异同 ATAC-Seq (Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-th...
ChIP-Seq是研究转录因子与DNA的结合区域的方法,即:研究DNA和蛋白质的相互作用。它利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。它是一项很老的技术了。 既然ChIP-Seq需要抗体,所以它一次只能检测一个转录因子的信息,检测效率低。相比,ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq——这些方法可以检测全基因组的开...
ChIP-Seq 即对分离得到的 DNA 扩增测序,然后通过分析得到 DNA 的富集区域也称为 peaks,同时可以鉴定过表达的序列 motif 以及进行功能注释分析。 实验设计和文库构建 文库构建包括以下 5 步骤: 1) 蛋白质与 DNA 的交联 2) 超声打断 DNA 链 3) 加附有抗体的磁珠用于免疫沉淀 4) 解交联,纯化 DNA 5) DNA ...
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。下载phantompeakqualtools ...