Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀 (ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的...
ATAC-seq和ChIP-seq ATAC-seq: 转座酶可及性染色测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是一种用于研究表观遗传调控的技术,于 2013 年在人类免疫细胞中建立。 其原理是利用转座酶 Tn5 容易结合在开放染色质的特性,对 Tn5 酶捕获到的 DNA 序列进行测序。与其他研究相似染...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)是一种高通量测序技术,专门用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用,能够精确地识别特定蛋白质,例如转录因子和组蛋白,在基因组中的结合位点。 如果想进一步了解ATAC-seq和Chip-seq的实验原理以及分析结果上的差别,赶紧看看咱们往期详细讲解的软文哦!
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。下载phantompeakqualtools ...
1. 简介 ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效...
DNA与蛋白质互作(ChIP):提供组蛋白修饰、转录因子结合等抗体富集、建库测序、数据分析全流程服务。 具有细胞,动、植物组织,微生物(弓形虫、烟粉虱等)等不同样本富集建库经验。 转座酶可接近核染色质(ATAC-seq):可对细胞和组织样品,通过Tn5转座酶分析染色质可趋近性。
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...