Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。MN...
ATAC-seq: 转座酶可及性染色测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是一种用于研究表观遗传调控的技术,于 2013 年在人类免疫细胞中建立。 其原理是利用转座酶 Tn5 …
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
1. ATAC-seq与ChIP-seq异同 ATAC-Seq (Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing),是在全基因组范围内检测染色质的开放区域,得到蛋白质的潜在结合位点,不依赖于抗体,可用于寻找感兴趣的转录因子的binding区域及其靶基因。
1. ChIP-seqChIP-seq是结合染色质免疫沉淀和高通量测序的技术，用于检测特定DNA关联蛋白的位置。它通过抗体筛选目标蛋白与DNA的结合位点，涉及组蛋白修饰和转录因子调控。1.1 组蛋白修饰：组蛋白的N端尾部修饰（如甲基化、磷酸化、乙酰化等）影响染色质构型，从而影响基因表达。例如，H3K4me1与增强子区...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
DNA与蛋白质互作(ChIP):提供组蛋白修饰、转录因子结合等抗体富集、建库测序、数据分析全流程服务。 具有细胞,动、植物组织,微生物(弓形虫、烟粉虱等)等不同样本富集建库经验。 转座酶可接近核染色质(ATAC-seq):可对细胞和组织样品,通过Tn5转座酶分析染色质可趋近性。
ChIP-Seq是一种技术，其核心原理是首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异地富集目标蛋白结合的DNA片段，随后进行纯化与文库构建。这一过程之后，对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万序列定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。ChIP-...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...