1、ATAC-seq+RNA-seq: 在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。 另一个思路是,通过ATAC-seq技术检...
ChIP-seq和ATAC-seq的区别:ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子。ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感兴趣的...
MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体定位的信号。ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
1. ATAC-seq与ChIP-seq异同 ATAC-Seq (Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing),是在全基因组范围内检测染色质的开放区域,得到蛋白质的潜在结合位点,不依赖于抗体,可用于寻找感兴趣的转录因子的binding区域及其靶基因。
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
ATAC-seq的原理是利用Tn5转座酶喜欢搬运DNA片段到开放区域的特性，将带有DNA序列标签的Tn5转座酶加入细胞核中，充分反应后，裂解细胞并测序，从而按照DNA标签找到开放区域。ChIP-Seq与ATAC-seq都是全基因组范围内检测染色质状态的技术，但它们的侧重点不同。ChIP-Seq侧重于研究特定转录因子或蛋白复合物的结合...
ChIP-seq有助于揭示这些调控机制。1.3 流程：包括交联、片段化、免疫沉淀、DNA回收和测序分析等步骤。2. ATAC-seqATAC-seq用于评估全基因组染色质可及性，通过Tn5转座酶识别开放染色质区域，反映基因活动状态。2.1 定义：通过转座酶探查可访问的DNA区域，检测染色质的活跃程度。2.2 意义：染色质可及...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。
ATAC-seq 本质是研究所有DNA开放区域,由Tn5酶切,线粒体完全裸露也会被捕获。 参考: 明码标价之ATAC-seq 这个目前还没正式跑过,scATAC-seq用的是cellranger的流程,用的是fragment来call peak,应该也是大同小异。 主要是多了一个BAM to tagAlign的步骤,然后还是用macs来call peak。