Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATAC-seq: 转座酶可及性染色测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是一种用于研究表观遗传调控的技术,于 2013 年在人类免疫细胞中建立。 其原理是利用转座酶 Tn5 …
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀 (ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
1. ATAC-seq和ChIPseq原理介绍 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕...
ChiP-seq一般都是加抗体去结合蛋白质,已知的组蛋白和转录因子对应功能可以在网上查,一般常见的histone包括H3K27me3(抑制位点)、H3K4me3(激活启动子)和H3K27ac(激活增强子和/或启动子)。H是指组蛋白位点,K是指赖氨酸位点,me是指甲基化修饰个数,ac是乙酰化修饰。有四种组蛋白,H2A、H2B、H3、H4 ...
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。下载phantompeakqualtools ...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
DNA与蛋白质互作(ChIP):提供组蛋白修饰、转录因子结合等抗体富集、建库测序、数据分析全流程服务。 具有细胞,动、植物组织,微生物(弓形虫、烟粉虱等)等不同样本富集建库经验。 转座酶可接近核染色质(ATAC-seq):可对细胞和组织样品,通过Tn5转座酶分析染色质可趋近性。
这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块,但是都只是介绍了常规的分析流程。因此,在面对具体课题的下游分析时,仍需要根据自己想要探究的问题进行个性化的分析。 一、介绍 具体的实验方法与流程抽空单独写一节 二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上...