因此,不少研究选择了ChIP-seq与ATAC-seq联合分析。 ChIP-seq与ATAC-seq的联用相比ChIP-seq与RNA的联用对于增强子的研究适配性更高一些。目前研究增强子的主要就是基于H3K27ac/H3K4me1的ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq和HI-C。 Dynamic transcriptome and chromatin architecturein granulosa cells during chicken folli...
3.1 ATAC-Seq与ChIP-Seq联合分析 我们可以根据ATAC-Seq预测到的转录因子的潜在结合区域,设计特异的蛋白,利用ChIP-Seq进行验证。 3.2 ATAC-Seq与转录组联合分析 ATAC-Seq具有时空特异性,联合转录组的测序结果,可以得到ATAC-Seq获得的Peaks所处的DNA序列区域,是否对应转录本的表达情况;也可得到转录本相关基因的上游调控...
ATAC-seq是经典的研究染色质开放性手段，将其结果与转录组或其他表观组学关联，即可获得染色质开放性对...
ChIP-Seq上游数据处理一网打尽2023更新版 跟Cut&Run可以共享流程,主要差别就是rmDup、call peak时一定要用control,去掉背景噪音。 关于reads rm dup 照着教程里的分析,换成了samtools markdup,结果几乎所有read都被rm了,下次在花时间来测试这个功能。 换成picard之后一切都正常了,就是本来一行命令要换成两行。 AT...
◆ 组蛋白ChIP-seq与ATAC-seq ◆ 组蛋白修饰会改变核小体结构,染色质可及性也会随着改变;另外,组蛋白修饰位点往往与转录调控的顺式作用元件紧密相关,而染色质可及性是转录激活的特征。因此,不少研究选择了ChIP-seq与ATAC-seq联合分析。 ChIP-seq与ATAC-seq的联用相比ChIP-seq与RNA的联用对于增强子的研究适配性...
1、通过整合ChIP-seq,ATAC-seq和单细胞测序发现肿瘤微环境中炎症因子通过使得超级增强子激活原癌基因PDZK1IP1表达。 2、PDZK1IP1通过增加结直肠癌细胞的还原能力和抗氧化应答,促进结直肠癌的发生及发展。 05、关键技术 ChIP-seq及超级增强子分析,ATAC-seq,单细胞测序和靶向代谢组学进行多组学联合分析。
本文作者首先利CRISPR-cas9和RNA-seq技术,从PTEN缺陷前列腺癌(PCa)细胞中筛选到了调控染色质重构的BRG1,接着利用一些列CoIP及Western实验验证了PTEN是通过PTEN/AKT/GSK3β/FBXW7轴来调控BRG1的泛素化降解,以此来调控BRG1的稳定性。然后,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq联合分析BRG1调控的下游靶基因,并进一步证明了...
ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。 (3)比对后处理和质量控制: 比对后处理就是去除重复序列和细胞器序列。
ATAC-seq的实验流程:裂解细胞获得细胞核→使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段→PCR扩增→测序。 ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。
ATAC-seq结合ChIP-seq可进一步分析转录因子、组蛋白修饰对染色质开放性的影响。ChIP-seq与转录组测序技术(RNA-seq)的联合分析,有利于进一步确认转录因子以及组蛋白的修饰对于基因表达的调控作用。