通过ATAC-seq 可以揭示整个基因组的染色质可及性。染色质的可及性通常指致密的核小体结构被破坏后,启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件和反式作用因子可以接近的区域,它与真核生物的转录调控密切相关。 ATAC-seq 技术在植物中的应用包括但不限于以下方面: 1.绘制染色质可及性图谱,帮助了解不同组织、...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展,大量的表观基因组分析技术已经出现,如CHIP-seq、DNase I超...
表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展,大量的表观基因组分析技术已经出现,如CHIP-seq、DNase I超...
ATAC-seq技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质...
文中CUT&Tag、ATAC-seq和ChIP-seq实验由上海嘉因生物协助完成。END1嘉因生物-CUT&Tag介绍CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言...
研究使用了ATAC-seq、H3K27ac-ChIP-seq和RNA-seq,用以描绘PDAC基因工程小鼠模型的表观遗传学景观,模型包括具有或不具有KRAS和/或TP53突变。使用Kaplan–Meier方法和多变量Cox回归分析评估FOSL2对PDAC患者生存率的影响。使用CUT&Tag知晓FOSL2的潜在靶点。使用CCK8、transwell迁移和侵袭、RT-qPCR、Western印迹分析、IHC...
二个月从零基础开始,精细化讲解 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 课程...
染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展,大...
前言:后天我们的多组学文献精读会分享一篇有关染色质可接近性的文章,考虑到大部分人可能对其中的一些概念还不了解,所以今天我们就来提前学习一下有关ChIP-seq和ATAC-seq的一些基础知识。 (视频讲者:张健教授团队张月明) 主要内容 启动子、增强子的概念 什么是基序(motif) ...